Frågan om en intagens rättigheter handlar om att balansera de rättigheter som är förknippade med att vara medborgare i den jurisdiktion där den intagne är fängslad med de praktiska frågor som fängelse innebär. Den kanske mest kontroversiella frågan i detta ämne är en interns rätt att rösta. Många jurisdiktioner har återkallat rätten att rösta – kallad ”förlust av rösträtt” – för alla som är dömda för vissa brott. Med tanke på begränsningarna i ett fängelse står medborgerliga rättigheter som fångars rättigheter till yttrandefrihet och religionsfrihet i främsta rummet i denna debatt. Dessutom är avhumaniseringen av fångar genom dåliga förhållanden i fängelserna ett ämne som fångarnas påverkansgrupper ofta riktar sig till.
Frånsägningen av en interns rösträtt är ett hett omtvistat ämne i områden där rösträtten anses vara grundläggande för alla medborgare. Till exempel, i vissa delstater i USA, förlorar varje person som döms för ett grovt brott – dvs ett brott som har ett straff på ett års fängelse eller mer – sin rösträtt. Däremot har många stater återkallat alla lagar om befrielse från rösträtt som en gång var aktiva.
En annan rättighetsfråga för intagna är hur fängslande inkräktar på olika medborgerliga friheter. Ett vanligt klagomål är att yttrandefriheten ofta begränsas av fångvaktare som beordrar interner att inte tala språk som vakten inte kan förstå. Vidare har interner som tillhör religioner som kräver särskilda omständigheter för bön ofta svårt att göra det med tanke på begränsningarna i fängelse. Argumentet är att fångar bör ha sin religiösa övertygelse inrymd av fängelset för dessa speciella ändamål. Å andra sidan hävdar fängelserna att att bli föremål för fängelse innebär en förkortning av sådana grundläggande rättigheter.
Den kanske mest diskuterade frågan om en interns rättigheter är villkoren i fängelser som hyser interner. Överbeläggningen av fängelser är en fråga som ofta diskuteras av intagnas rättighetsförespråkare. Argumentet som dessa organisationer framför är att genom att överbefolka dessa fängelser med fångar, är villkoren omöjliga att hålla sanitära och fångarna görs sårbara för skada av andra fångar såväl som vakter. Att inhysa fler interner än vad personalen är utrustad att hantera gör det dessutom omöjligt att ge adekvat sjukvård till dem som behöver det.