Generationer av kaffedrickare har blivit tillsagda att dra ner på mängden kaffe de konsumerar baserat på antagandet att det är dåligt för deras hälsa. Mycket av stigmat om kaffe har till stor del baserats på den höga mängden koffein i drycken. Forskning har dock visat att det också kan finnas vissa hälsofördelar med kaffe när det konsumeras med måtta – tre till fyra koppar om dagen. Det finns oro för att för mycket kaffe orsakar en ökad hjärtfrekvens, men vissa forskare tror att hälsofördelarna med kaffe kan uppväga riskerna. Några av hälsofördelarna med kaffe kan inkludera en minskad risk för cancer, diabetes, Parkinsons sjukdom och gallstenssjukdom, samt en ökad ämnesomsättning
Forskning har visat att kaffe kan ha anticanceregenskaper. Vissa studier tyder på att risken för levercancer minskar med 50 procent. Forskning visar också en viss korrelation i minskningen av andra cancerformer, såsom tjocktarms- och bröstcancer.
Hälsofördelarna med kaffe för diabetes tros vara tvåfaldiga. Forskning har visat att det kan minska risken för diabetes med så mycket som 50 procent. En annan effekt av kaffe är att öka sin viloförbränningshastighet samt att eventuellt minska blodsockertalet. Detta kan förbättra hälsan hos diabetiker samt förhindra uppkomsten av denna sjukdom hos dem som inte är drabbade.
Kaffe tros också spela en roll i skyddet för män mot Parkinsons sjukdom, och vanliga kaffedrickare är mindre benägna att drabbas av symtom på gallstenssjukdom. Detta kan bero på att kaffe stör kolesterolhalten i gallan som tillverkas av levern.
Trots bevis på att det finns vissa hälsofördelar med kaffe, är experter oense om huruvida dessa fördelar uppväger riskerna. Bland de negativa effekterna av kaffe, särskilt när det konsumeras i stora mängder, tros ökat blodtryck och hjärtfrekvens, oregelbunden hjärtrytm, beroende, ångest, irritabilitet och sömnlöshet. Dessutom har vissa studier visat på ett samband mellan kaffe och hjärt-kärlsjukdomar, matsmältningsbesvär, halsbränna, benskörhet hos postmenopausala kvinnor och förvärrade symtom på premenstruellt syndrom (PMS). Forskning tyder också på att kaffe kan minska fertiliteten hos kvinnor som försöker bli gravida.