För- och nackdelarna med genetiskt modifierade papaya är föremål för debatt. Som helhet är genetiskt modifierade livsmedel vanligtvis resistenta mot vissa insekter och andra angrepp. Nackdelarna har främst att göra med det faktum att dessa livsmedel inte har bevisats vara säkra på lång sikt, så det finns vissa miljögrupper och hälsoorganisationer som tror att genetiskt modifierade livsmedel kan vara skadliga för människors hälsa när de konsumeras i stora mängder.
Genetiskt modifierade papaya utvecklades för att vara resistenta mot papaya ringfläcksvirus, som kan vara förödande för växtens grödor. De har utvecklats och är, när detta skrivs, tillgängliga i en mängd olika länder. Det finns fortfarande fler nationer som inte har hoppat på tåget, men tjänstemän i branschen försöker avgöra vilka åtgärder som måste vidtas för att göra dem mer allmänt tillgängliga. Många av de länder där genetiskt modifierade papaya först såldes är industrialiserade, med utvecklingsländer som släpar efter.
Det pågår tung debatt om produktion och distribution av genetiskt modifierade papaya och andra livsmedel. Å ena sidan innebär en förmåga att odla fler grödor utan rädsla för att virus och andra patogener förstör växterna att mer mat kan odlas totalt sett. Mer mat som odlas, gör att det finns mer att gå runt. Detta är en viktig aspekt av debatten, eftersom världens befolkning växer, och konventionella grödor kanske inte är tillräckligt fruktbara för att mata alla på obestämd tid.
I liten skala betyder mindre skördeförlust att bönder kan tjäna mer pengar för att försörja sina egna familjer genom försäljning av grödorna. Detta är mycket viktigt för odlare som kan ha det svårt ekonomiskt på grund av omfattande skördeförluster. När det gäller papaya kan papaya ringfläckvirus vara mycket förödande och kan utplåna hela grödor.
Den primära nackdelen med att använda genetiskt modifierade papaya och andra konstruerade livsmedel är att de inte har bevisats säkra på lång sikt. Vissa hälsoorganisationer hävdar att riskerna för människors hälsa är stora och att all genetiskt förändrad mat bör förbjudas på stormarknadernas hyllor. Andra hävdar att de är lika säkra och hälsosamma som mer konventionellt odlade grödor. Sanningen i saken kanske inte är känd på ett tag.