Fördelarna med online-incheckning kan vara många, men dessa fördelar kan variera mycket från ett flygbolag till ett annat, beroende på policyerna. I allmänhet är den största bekvämligheten med onlineincheckning för resenärer som har lite eller inget bagage och inte behöver checka in väskor. I sådana fall kan de gå förbi de typiska långa köerna vid incheckningsdiskarna och fortsätta ända till flygplatsens portar. Extra förmåner inkluderar att kunna välja en plats innan du anländer till flygplatsen och andra incitament också.
En av de stora fördelarna med online- eller internetincheckning är möjligheten att se till att resenären har en plats reserverad innan han anländer till flygplatsen. Detta gör att resenären kan gå förbi biljettdisken, där väntan kan vara lång, särskilt innan populära flyg. Vanligtvis fungerar detta bara för resenären om det inte finns några väskor att kontrollera. I vissa fall kan incheckning vid trottoarkanten ta det incheckade bagaget även om resenären redan har använt online-incheckningssystemet; detta beror på flygbolaget.
Online-incheckningssystemet tillåter vanligtvis resenärer att skriva ut boardingkort direkt från en hemdator. Därför är resenären i allmänhet säker på att ha en plats på flyget, även om han anländer i sista minuten. Om flyget är överbokat finns det dock fortfarande inga garantier. Flygbolagen är inte heller skyldiga att vänta på en sent anländande passagerare, oavsett om denne har checkat in online.
En annan fördel med att checka in online är möjligheten att välja en platstilldelning. Även om inte alla flygbolag erbjuder detta, kan det vara ett bra incitament för dem som har biljetter men inte tilldelade platser. Det gör att passageraren kan välja en plats innan alla önskade platser har tagits, speciellt om passageraren kommer att anlända till flygplatsen nära avgångstiden.
Ekonomiska incitament kan också spela en roll vid incheckning online och vara en stor fördel för vissa resenärer. Vissa flygbolag, som inser fördelarna med den automatiserade processen, erbjuder passagerare bonus miles för att checka in via Internet. Detta påskyndar processen på flygplatsen, vilket i sin tur leder till gladare passagerare och möjligen mer kostnadseffektiva bemanningsarrangemang. Därför är systemet bra för både passageraren och flygbolaget.
Den sista fördelen med online-incheckning gäller de som kommer att ha en hektisk resplan innan flyget. Många flygbolag tillåter dig att checka in så tidigt som 72 timmar före flyget, eller minst 12:01 på flygdagen. Detta ger resenärer som har åtaganden fram till det att de anländer till flygplatsen flexibiliteten att checka in vid en tidigare tidpunkt så att det finns en sak mindre de behöver oroa sig för senare.