Att genomgå prenatal genetisk testning har flera för- och nackdelar. På plussidan möjliggör det planering för möjliga utvecklingsproblem, bestämma fostrets livskraft och fastställa faderskap. På den negativa sidan medför det en risk att skada fostret och kan öka sannolikheten för missfall. Genetisk testning är inte heller 100% korrekt och kan orsaka känslomässiga problem för kvinnan eller paret om de står inför beslutet om att avbryta graviditeten.
Prenatal genetisk testning kan ge föräldrar den information som behövs för att planera för eventuella särskilda behov som deras framtida barn kan ha. Det kan avgöra om fosterskador som en läppspalt eller ryggmärgsbråck är närvarande, vilket ger föräldrarna tid att planera för behandlingsalternativ och eventuella operationer. För utvecklingsproblem som Downs syndrom och andra trisomier som Edwards syndrom ger prenatal genetisk testning föräldrar tid att förbereda sig för möjligheten att uppfostra ett barn med ett sådant tillstånd.
I de flesta graviditeter kommer ett foster som är oförenligt med livet att få missfall. Det finns dock vissa fall där graviditeten fortsätter, oavsett att fostret nästan säkert kommer att gå bort direkt efter födseln. I dessa fall kan prenatal genetisk testning vara till hjälp för att avgöra om det är säkert eller fördelaktigt att bära graviditeten till sikt, vilket skyddar moderns hälsa och skyddar fostret från onödig smärta.
Ett annat fördel med prenatal genetisk testning är att fastställa faderskap innan barnet föds. Detta kan effektivisera vårdnads- och barnbidragsarrangemang. Gentestning kan göras med ett fostervattenprov relativt tidigt i graviditeten. DNA som samlats in från detta test kan jämföras med DNA från möjliga fäder för att avgöra vem som är juridiskt ansvarig för barnet.
En av de största nackdelarna med prenatal genetisk testning är möjligen den känslomässiga inverkan det kan ha på båda föräldrarna. Denna typ av testning ger dem ofta ett val om att fortsätta en graviditet eller inte. För vissa kan detta anses vara en bra sak. Det kan dock öka chanserna för känslomässiga trauman eller skuldkänslor i termer av att antingen ta slut eller besluta sig för att avsluta.
Även om genetiska tester förbättras varje år, finns det fortfarande vissa risker. De två vanligaste genetiska testerna, kronisk villus och fostervattenprov, ökar risken för missfall och kan i vissa fall potentiellt skada fostret. Denna typ av testning är inte heller alltid korrekt. Foster som diagnostiserats med vissa problem kan födas helt friska, och de som tros vara friska i livmodern kanske inte är det.