Vanligtvis klassificeras effekterna av metadon på spädbarn efter om läkemedlen har använts under en kort tid, eller om de har missbrukats kroniskt. På kort sikt kan metadon på spädbarn orsaka ett antal allvarliga hälsoproblem, såsom sänkt blodtryck och hjärtfrekvens. Långvarigt missbruk av metadon påverkar däremot oftare spädbarns vikt och storlek. I många fall kommer barn som föds till en mamma som har missbrukat metadon själva ofta att drabbas av metadonabstinens efter födseln. Studier tyder dock på att dessa symtom kan vändas genom amning.
I många fall kan användning av metadon ens en gång leda till mycket allvarliga effekter på ett ofött barn. Omedelbara effekter av metadon på spädbarn kan innefatta mycket lågt blodtryck; en väsentligt minskad hjärtfrekvens; torrhet i ögon, mun och näsa; förhöjt intrakraniellt tryck; och andra liknande symtom. I de flesta fall kan dessa biverkningar av metadonanvändning på spädbarn vara livshotande och kräver omedelbar medicinsk behandling. Dessutom kan kvinnor som använder metadon även under en kort tidsperiod uppleva ett missfall på grund av denna droganvändning.
På lång sikt kan användningen av metadon på spädbarn leda till tillstånd som är lika allvarliga. Långvarig användning av metadon kan resultera i en minskad tillväxttakt för spädbarnet, både i längd och vikt. Dessutom har spädbarn som föds av mödrar med en lång historia av metadonanvändning ofta en huvudomkrets som är mindre än normalt. Lyckligtvis försvinner dessa effekter när spädbarnet åldras och mognar in i barndomen. Spädbarn som föds till kvinnor som missbrukar metadon har dock i allmänhet en avsevärt lägre mental kapacitet än de som föds till mödrar som inte använder droger, och kan få lägre poäng i både beteendemässiga och psykologiska tester.
Spädbarn som har exponerats för höga mängder metadon utvecklar också ofta metadonabstinens, även känt som neonatalt opiatabstinenssyndrom. Detta är ett tillstånd som påverkar ett antal system i kroppen, inklusive andningssystemet och det centrala och autonoma nervsystemet, bland annat. Spädbarn som föds med detta tillstånd löper en ökad risk för att utveckla plötslig spädbarnsdöd, eller SIDS, jämfört med andra, friskare barn. Studier har emellertid funnit att symtom på detta tillstånd kan lindras genom amning av mamman eller ett annat surrogat. I många fall kan dock amning vara svårt eller till och med omöjligt.