De allra flesta negativa biverkningar förknippade med för mycket protein har sina rötter i njurarnas cirkulationssystem. Även om det finns de som ifrågasätter dessa hälsokomplikationer, hävdar många att, först och främst, överskott av protein som inte kan absorberas av kroppen orsakar ökad produktion av urea i urinen, och detta kan leda till en mängd olika biverkningar över hela kroppen. kropp. Mekanismen för att producera urin i kroppen är njurarna, så den ökade arbetsbelastningen kan öka risken för njursjukdom och förvärring av eventuella njurproblem som redan finns. Mer indirekt kan denna process öka ens risk för gikt, och den frekventa urineringen, som ett resultat, kan leda till uttorkning. Dessutom tenderar kalcium att utsöndras i urinen i samband med överskottet av urea, och vissa forskare har hävdat att detta kan öka risken för benskörhet och njursten.
Mer specifikt, anledningen till att för mycket protein leder till högre koncentrationer av urea i urinen är att överskott av protein förpassas till levern, där animosyrorna kommer att omvandlas till andra användbara molekyler genom en process som kallas deanimering. Under processen omvandlas kväve från animosyrorna först till ammoniak och sedan till urea av levern. Att utsöndra detta genom urin är njurarnas uppgift, men för mycket protein i kosten innebär en stor arbetsbelastning för dessa organ. De som redan har någon form av njursjukdom har bäst av att hålla sitt proteinintag på en stabil nivå.
Gikt är en form av inflammatorisk artrit som kännetecknas av en ansamling av urinsyra i lederna. Vissa hävdar alltså att konsekvent överskott av protein i kroppen ökar risken för gikt. Njurarna är normalt viktiga för att driva ut urinsyra från kroppen, men den extra arbetsbelastning som de utsätts för kan försämra denna funktion.
Mer frekvent urinering är den uppenbara bieffekten av ovanstående biologiska process. Varje gång en individ kissar för att driva ut den extra urean, kommer vatten oundvikligen att utsöndras också. Som ett resultat kan för mycket protein snabbt leda till uttorkning, vilket kan indikeras av symtom som huvudvärk, muskelkramper eller yrsel.
Dessutom kommer överskottsnivåerna av urea som produceras under denna process normalt att leda till en instabil pH-nivå. Forskare har observerat ökade koncentrationer av kalcium i urinen hos personer med för mycket protein i kosten, och vissa tror att kalcium finns för att balansera ut pH-nivåer. Även om det finns en viss tvist kan detta utgöra en risk för osteoporos eftersom kroppen kan återuppta kalcium från benen för detta ändamål. Vissa tror att ett ökat kalciumintag kan kompensera för detta. Dessutom kan de högre koncentrationerna av kalcium som cirkulerar genom njurarna öka risken för njurstensbildning.