De med glutenintolerans visar vanligtvis flera olika symtom, vilket gör det avgörande att de bara får i sig glutenfria livsmedel för att eliminera problemet. Några av de vanligaste symtomen på glutenintolerans inkluderar depression, irritabilitet, trötthet och plötsliga viktförändringar. Matsmältningsproblem är också vanliga bland dem som lider av denna autoimmuna sjukdom, inklusive magsmärtor, uppblåsthet, förstoppning och kramper. Slutligen kan frekventa infektioner också vara ett tecken på glutenintolerans, eftersom immunförsvaret vanligtvis är nedsatt. Eftersom många av dessa symtom kan signalera olika störningar, diagnostiseras glutenintolerans vanligtvis endast när nästan alla av dem observeras hos en patient.
En av de vanligaste symtomen på glutenintolerans att folk kan klaga på extrem trötthet. Detta är inte förvånande eftersom detta symptom är ett av de mest klagade över när det gäller någon sjukdom, men glutenintolerans kommer också med en mängd ytterligare tecken, såsom depression och irritabilitet. Ett annat av de vanligaste symtomen på glutenintolerans är oförklarlig viktökning när man följer en diet som innehåller livsmedel med gluten, även om vissa människor också upplever plötslig viktminskning.
Några av de vanligast observerade symtomen på glutenintolerans har att göra med matsmältningssystemet, vilket kanske inte är förvånande eftersom den främsta boven till denna sjukdom är en livsmedelsprodukt. Förstoppning och efterföljande uppblåsthet tenderar att dyka upp hos dem som lider av glutenkänslighet. Å andra sidan märks också ofta diarré och buksmärtor hos dem med glutenintolerans. Vissa människor kan uppleva diarré och förstoppning omväxlande dagar, vilket leder till kramper, magsmärtor och allmänt obehag.
Även om oförmågan att bekämpa många infektioner kan tyckas orelaterade till detta medicinska tillstånd, förväntas det faktiskt eftersom glutenintolerans resulterar i förstörelse av tunntarmens slemhinna. Eftersom det är här mycket av kroppens immunförsvar finns, borde det inte komma som någon överraskning att de antikroppar som normalt bekämpar infektion är få. Detta lämnar slemhinnorna, såsom ögon, mun, bihålor och slida, i patogenernas nåd, vilket ofta leder till frekventa förkylningar och infektioner som påverkar bihålorna, slidan, ögonen och urinvägarna. Dessutom påverkas andnings- och matsmältningsorganen också kraftigt av bristen på antikroppar, vilket leder till frekventa magproblem, inklusive sår och tarmbesvär. Andra till synes orelaterade symtom på glutenintolerans inkluderar infertilitet hos män och kvinnor, vitaminbrist, anemi, laktosintolerans, huvudvärk, humörsvängningar och värkande ben och leder.