Majoriteten av missfall beror på orsaker som inte kan identifieras. Ett stort antal orsakas av kromosomavvikelser, hormoner och livsstilsval. Det finns ofta problem med implantation, eller så kan mammans ålder vara en faktor. Ibland anges vävnadsavstötning eller infektion som orsak. Det finns många orsaker till missfall, och även om kromosomavvikelser sannolikt är de vanligaste, kan olika egenskaper hos barnets föräldrar göra andra faktorer mer sannolika.
Kromosomavvikelser är en av de vanligaste orsakerna till missfall. Problem med kromosomer är nästan helt slumpmässiga, även om föräldrarnas gener kan orsaka missfall. Det är mycket mer sannolikt att förlust av fostret orsakas av ett felaktigt ägg eller sperma, vilket kanske inte representerar den övergripande kvaliteten på föräldrarnas reproduktionspotential. Om upprepade missfall inträffar blir det mer troligt att det genetiska problemet ligger hos en av föräldrarna.
Hälsoproblem hos mödrar är också vanliga orsaker till missfall. Progesteronbrist är ett särskilt vanligt hälsoproblem för mammor som ibland leder till spontan abort. Infektion kan orsaka abort, men detta är ett problem som ibland kan undvikas. Vissa sjukdomar som obehandlad diabetes eller polycystiskt ovariesyndrom löper en högre risk för kvinnor att få missfall, men detta är inte ett särskilt vanligt problem i befolkningen eftersom det vanligtvis är känt innan de försöker bli gravida. Moderns ålder, även om det inte är ett hälsoproblem, är också korrelerat med högre missfall.
Vanligtvis avbryts livsstilar som påverkar fostret negativt när graviditeten upptäcks, så beteendeproblem är relativt ovanliga orsaker till missfall. Kvinnor som fortsätter att delta i aktiviteter som rökning, överdrivet alkoholkonsumtion och användning av koffein under graviditeten kan uppleva missfall i högre takt. Vissa läkemedel kan också ha en effekt på graviditeten. De flesta kvinnor är mycket noga med att säkerställa fostrets säkerhet, vilket gör dessa alltmer frekventa orsaker till missfall.
Många aktiviteter som vanligtvis anses orsaka missfall är faktiskt ganska säkra. Kvinnor kan fortsätta att arbeta, träna och ha samlag utan att utgöra någon ytterligare risk för fostret. Även orsaker som moderstrauma är osannolikt att orsaka missfall, eftersom fostret under de tidiga stadierna av graviditeten är mycket skyddat av moderns kropp. Endast allvarliga trauman och extrema aktiviteter kommer sannolikt att orsaka missfall.
Medan vissa orsaker till missfall är vanligare i världen, när man tittar på specifika grupper, hamnar olika orsaker till toppen av listan. Till exempel, bland grupper som ofta ägnar sig åt riskfyllda aktiviteter utan tillgång till medicinsk behandling, såsom missbrukare, är livsstilsval en av de vanligaste orsakerna till missfall. Faktum är att olika grupper har mycket olika frekvens av missfall, vilket kan ge en mamma en felaktig uppskattning av hennes risk. Om föräldrar känner sig oroliga över risken för missfall, kan en konsultation med en läkare vanligtvis ge en rimlig uppskattning av säkerheten.