De vanligaste biverkningarna av magnetröntgen är de som är relaterade till att ligga på ett litet utrymme under lång tid och kan innefatta yrsel, ryggvärk och trötthet. Allvarligare biverkningar kan uppstå som en reaktion på alla kontrastmedel som används för MRT. I mycket sällsynta fall, om en metallbit finns i kroppen, kan MRI-maskinen tvinga föremålet att röra sig inuti kroppen, vilket orsakar allvarlig skada. Detta är en mycket sällsynt biverkning, eftersom det finns stränga försiktighetsåtgärder för att skydda mot denna typ av olycka.
Vanligtvis upplever människor MRT-biverkningar som verkar orsakas av effekterna av magnetisk resonanstomografi men som faktiskt orsakas av att de ligger väldigt stilla under långa perioder. Yrsel och ryggvärk som rapporterats av vissa patienter orsakas nästan säkert av att de ligger stilla på en hård yta i en timme eller mer. Trötthet efter en MRT orsakas ofta av stressen i samband med fotograferingen, vilket kan vara mer tröttsamt än vad som är uppenbart under ingreppet. MRT-biverkningar som huvudvärk är ofta relaterade till de höga ljud man hör under en MRT och är vanligare för personer som också upplever migrän.
Vissa människor upplever milda MRT-biverkningar som vanligtvis liknar en allergisk reaktion när ett kontrastmedel används. Mycket allvarliga MRT-biverkningar kan uppstå när en patient har allvarlig njursvikt och exponeras för ett kontrastmedel som innehåller gadolinium. Denna biverkning är en sjukdom som kallas nefrogen systemisk fibros, som är obotlig och ibland dödlig. Det är relativt osannolikt att man kommer att uppleva denna biverkning, eftersom njursvikt vanligtvis identifieras före en MRT som involverar gadolinium.
Mycket sällan kommer järn i kroppen att orsaka smärtsamma MRT-biverkningar. Ferromagnetiska föremål kan röra sig kraftfullt från vilken position som helst nära en MRI-maskin. Om de är inne i kroppen kan de orsaka stora skador på inre organ. En person med metallfyllningar i tänderna kan känna lätt stickningar, men mindre tandfixturer är vanligtvis inte problematiska för ingreppet.
Den vanligaste biverkningen av en MRT verkar vara en förhöjd känslighet för eventuella hälsoproblem. En MR-apparat är en stressande och ofta obekant teknik, och många människor blir mycket oroliga för förnimmelser som normalt inte skulle anses vara oroande. Upplevd stickningar eller yrsel som normalt går obemärkt förbi eller någon känsla av smärta blir en källa till stor oro. Den upplevda möjligheten att det har förekommit stora biverkningar orsakar också symtom på panik. Dessa biverkningar kan undvikas genom att prata med en betrodd läkare och inse att en MRT är en mycket säker procedur.