Utmaningar inom affärsetik inkluderar vanligtvis att balansera ansvar gentemot aktieägare med socialt ansvar gentemot samhället och anställda. Beslut som balanserar företagens vinst mot ersättning till arbetare kan också innebära utmaningar relaterade till affärsetik, särskilt under en ekonomisk nedgång. Andra utmaningar kan kretsa kring filantropiska aktiviteter som bidrar till samhällets ekonomiska bästa. Dessa utmaningar kan också involvera lagar och förordningar.
Ledarlöner och fördelningen av välstånd kan leda till diskussion om utmaningarna inom affärsetik. Vissa kritiker säger att mångmiljonbonusar och förmånspaket för chefer bör kopplas till faktiska bidrag till företaget. Förhållandet mellan lön mellan högre ledning, aktieägare och anställda på lägre nivå kan skapa utmaningar för affärsetiken.
Arbetsvillkor och outsourcing representerar ytterligare utmaningar som företagsägare kan ställas inför. I vissa företag kan chefer som framgångsrikt ökar vinsten genom att flytta verksamhet utomlands belönas, även om det sätter människor utan arbete. Om anställdas löner och förmåner sänks medan chefer får bonusar baserade på besparingarna, kan det klassas som ett etiskt dilemma. Båda situationerna väcker vanligtvis utmaningar inom affärsetik.
Etik kan också innebära försök att anställa anställda som delar företagets värderingar när det gäller miljö och hantering av kunder. Utmaningar inom affärsetik inkluderar att identifiera och rekrytera arbetare utan hänsyn till kön, ålder eller etnisk bakgrund. När det väl anställts försöker ett företag som arbetar etiskt vanligtvis dela makt och ledarskap genom utbildningsprogram. Utbildning kan innefatta att ge anställda verktyg för att lösa etiska dilemman på jobbet.
När det gäller efterlevnad kan utmaningar inom affärsetik innefatta att gå längre än att följa lagar och förordningar. Till exempel kan ett företag följa miljölagstiftningen eftersom det krävs, men ett etiskt ansvarsfullt företag kan förbättra miljön eftersom det är rätt sak att göra som företagsmedborgare. Det företag som verkar inom en strikt etisk kod fattar vanligtvis beslut som förbättrar samhället istället för beslut som enbart baseras på vinst.
Andra frågor som dyker upp som etiska problem kan handla om intressekonflikter och korruption. Nyheter om några stora företag som lurat investerare i högprofilerade skandaler har ofta fört affärsetik i förgrunden. Andra fall kan involvera politiska bidrag i ett försök att få tillsynsmyndigheter att mildra efterlevnadslagarna.