Det finns flera olika typer av vattenbruksfoder, inklusive naturliga foder och konstgjorda. Det naturliga fodret delas in i en av tre kategorier: naturliga djur och växter, skräpfisk och levande matorganismer. Vattenodlare odlar naturliga djur- och växtlivsmedel med fisken i motsats till skräpfisken, som inte är ett levande livsmedel. Levande födoorganismer är en specialiserad föda som vanligtvis matas till mycket små fiskar eller vattenodlingsprodukter i deras larvstadier. Vissa specialfoder har tillsatser, såsom vitaminer, mediciner eller vacciner.
Naturliga djur eller fiskar och växter har flera fördelar och nackdelar. Ofta är dessa livsmedel billigare än några av de andra alternativen. Fisken eller andra skaldjur är fria att mata när de är hungriga eftersom de naturliga produkterna lever tillsammans med vattenbruksprodukten. Vattenbrukaren har mindre kontroll över dessa vattenbruksfoder, och de kanske inte uppfyller vattenbruksgrödans fulla näringsbehov.
Grovt eller skräpfiskfoder, som är icke-kommersiell fisk, är dyrare än naturligt vattenbruksfoder. En vattenodlare måste ta hänsyn till kostnaden för att hålla skräpfisken kyld eller fryst. Vissa fiskar eller skaldjur accepterar inte konstgjorda livsmedel, och därför är vissa vattenodlare beroende av skräpfisk. Nackdelen med att använda skräpfisk är att dessa fiskar är långsamma att göda fisken. En längre period mellan kläckning och skörd innebär en lägre vinst.
Tillverkare erbjuder konstgjorda vattenbruksfoder i flytande eller sjunkande pellets, smulor och flingor, såväl som pasta och fuktiga former. Typiskt innehåller konstgjorda foder en hög andel fiskmjöl. Konstgjord mat ökar tillväxten relativt snabbt. En stor nackdel är att vattenodlaren måste anpassa den för matgrödan, med hjälp av arter, ålder och andra faktorer som riktlinjer. Vissa fiskar eller skaldjur kanske inte äter det konstgjorda fodret.
Levande matorganismer skiljer sig från naturliga vattenbruksfoder eftersom de är mikroorganismer som mikroalger, mikroskopiska djur som kallas hjuldjur och andra. Denna typ av föda är till nytta för nykläckta fiskar och larvstadierna hos vissa arter. Beroende på art kan de levande födoorganismerna vara växter eller vattendjur. Det finns många nackdelar med att använda levande livsmedelsorganismer. Vanligtvis behöver en person speciell kompetens och kunskap för att föda upp organismerna, och processen är mycket tidskrävande, vilket ökar lönekostnaderna.
Tilläggsfoder för vattenbruk är billigare och rikligare än många foder. De är inte lämpliga för att vara den enda matkällan, utan kompletterar den normala maten. Vanligtvis innehåller dessa foder endast spannmål, såsom soja, vete och ris. Nackdelen med att ha den extra kostnaden för ett tilläggsfoder uppvägs av den ökade tillväxten fodret ger.
Vattenodlare ger sina fiskgrödor medicinskt foder för att bekämpa många sjukdomar och andra stressfaktorer som angriper deras grödas hälsa. Fisk och andra vattenbruksgrödor är känsliga för stress från överbefolkning, dålig näring och andra problem. Dålig vattenkvalitet, som låg syrehalt och höga ammoniak- eller nitriter, kan påverka grödans hälsa. Tillverkare formulerar vissa medicinska vattenbruksfoder för att motverka dessa problem. De designar medicinskt foder specifikt för varje art, och vattenbrukare måste vara uppmärksamma på detta när de köper den här typen av foder.