Cupcakes kan vara små desserter med en enda portion, men många av dem innehåller hundratals kalorier och nästan en tredjedel av den totala mängden fett som en person bör konsumera under en viss dag. Även om traditionella cupcakes ofta är mycket ohälsosamma, finns det många olika typer av hälsosamma cupcakes som kan göras. För det mesta kan alla cupcakesrecept modifieras för att göra hälsosamma cupcakes genom att ersätta några viktiga ingredienser, särskilt socker, smör och raffinerat vitt mjöl. Även om dessa ersättningar ger cupcakes bättre näringsvärde och färre tomma kalorier, bör dessa desserter fortfarande avnjutas med måtta.
Vissa hälsosamma cupcakes eliminerar en del eller allt av smöret i ett recept för att eliminera många av kalorierna. Äppelmos är en vanlig smörersättning eftersom den ger cupcakes extra sötma och fukt. Fettfri eller fettfattig yoghurt kan också användas istället för smör för att göra cupcakes mjukare och smidigare.
Andra typer av hälsosamma cupcakes kan använda fullkornsmjöl istället för raffinerat vitt mjöl. Denna typ av mjöl, som vanligtvis används i bakverk, har förlorat många av sina näringsämnen så det innehåller ett stort antal kalorier i förhållande till mängden vitaminer, mineraler och makronäringsämnen den innehåller. Fullkornsvetemjöl kan användas istället för vitt mjöl, men det är också möjligt att använda mjöl från andra spannmål, som quinoa, amaranth eller teff. Smaken av vart och ett av dessa mjöl har en betydande effekt på smaken av cupcakes, och smaken av andra typer av mjöl måste ofta förvärvas innan människor kommer att njuta av dessa typer av hälsosamma cupcakes.
Att lägga till färsk frukt och grönsaker till cupcakesmeten kan också göra dessa desserter hälsosammare. Zucchini, morötter, pumpa, äpplen, bär och rödbetor kan alla blandas till cupcakes för att ge dessa desserter mer smak och mer näringsämnen. De flesta av dessa ingredienser måste strimlas så att de kokar in i mjölet av hälsosamma cupcakes och inte bildar sega fickor av grönsaker.
Många cupcakes görs med frosting på toppen eller fyllning i mitten. För det mesta är dessa pålägg gjorda med mycket socker och smör, vilket bidrar med många kalorier utan någon extra näring. I hälsosamma cupcakes kan frosting göras med fettfattig färskost eller marshmallows istället för smör och socker. Färsk fruktkompott kan användas istället för fyllningar som traditionellt är mycket fettrika.