Det finns så många olika orsaker till matförgiftning att medicinsk vetenskap inte har identifierat dem alla. De flesta fall av livsmedelsburna sjukdomar orsakas dock av bakterier eller virus. Bakterier trivs i icke-levande ämnen, medan virus kräver en levande värd för att existera. Virala och bakteriella matförgiftningsorsaker har många olika metoder för kontaminering.
Bakterier kan finnas kvar på ytan av frukt och grönsaker. Om produkterna inte tvättas eller bearbetas ordentligt, kan bakterierna förtäras och orsaka matförgiftning. Konserverad frukt och grönsaker kan vara en av de allvarligaste orsakerna till matförgiftning om produkten är felaktigt bearbetad. Clostridium botulinum är en bakterie som producerar ett gift som kan orsaka svår sjukdom och dödsfall. Utbuktande burkar eller lock är tecken på att produkten var felaktigt konserverad; att äta dessa livsmedel kan leda till dödsfall från botulismförgiftning.
De flesta orsaker till matförgiftning ger inte så allvarliga effekter. Influensaliknande symtom och tarmproblem som går över på en eller två dagar är vanligare. Matförgiftningssymtom kan ibland misstas för influensa. Magkramper, illamående och kräkningar är vanliga tecken.
Virala fall av matförgiftning orsakas vanligtvis av avföring. Om kockar och de som lagar mat inte tvättar händerna ordentligt efter att ha använt badrummet kan kontaminering och matförgiftning uppstå. Denna typ av matförgiftning kan drabba hela institutioner, som daghem och skolor. Fekalt material i skaldjur är en annan viral matförgiftningsorsak.
Mat som inte är färdiglagad kan också orsaka livsmedelsburna sjukdomar. All mat bör tillagas till rätt temperatur för att undvika matförgiftning. Att lämna tillagad mat okyld i mer än två timmar är en annan orsak till matförgiftning som lätt kan undvikas. Den grundläggande tumregeln för livsmedelssäkerhet är att varm mat ska hålla sig varm och kall mat ska hålla sig kall.
Att förbereda rått kött på rätt sätt för matlagning är särskilt viktigt för att undvika matförgiftning. Rått kött kan innehålla bakterier som orsakar matförgiftning. Om det okokta köttet skärs på en skärbräda innan andra livsmedel som grönsaker också tillagas där, kan bakterierna lätt förorena grönsakerna. Separata skärbrädor och knivar bör användas för de olika matvarorna för att undvika bakteriell kontaminering.
Rätt matlagningstemperatur kan döda bakterier och virus som annars kan orsaka matförgiftning. Till exempel kan fläsk innehålla den virala rundmasken Trichinella spiralis, som orsakar den livsmedelsburna sjukdomen trikinos. Om fläsk är ordentligt genomstekt är risken för att få trikinos mycket sällsynt.