När ett fartyg har nått slutet av sin livslängd måste det kasseras på rätt sätt. Denna process för bortskaffande av fartyg kan göras på ett antal olika sätt, även om vissa metoder är mycket säkrare och renare än andra. Upphuggning av fartyg är kanske den mest accepterade metoden för bortskaffande av fartyg; denna process innebär att man bryter upp båten bit för bit så att komponenterna kan återanvändas eller återvinnas. Giftiga komponenter kan kasseras säkert på land också. Ibland kan ett fartyg återanvändas, vilket gör att det kan användas i en annan kapacitet snarare än som ett flytande fartyg.
Återanvända båtar avlägsnas ofta från vattnet helt, även om vissa kan vara permanent förtöjda i vattnet. Detta är inte precis en metod för bortskaffande av fartyg, utan snarare återanvändning av fartyg; båten kan användas som en husbåt, ett företag som en restaurang, ett flytande museum, kontorslokaler och många andra ändamål. Innan ett fartyg kan användas på sådana sätt måste det tas av alla farliga eller giftiga komponenter som kan utgöra en risk för invånare eller omgivande ekosystem. Fartyg som lämnas i vattnet kommer också att ha en tendens att ruttna eller på annat sätt gå sönder snabbare, så underhåll av fartyget kommer att bli nödvändigt.
Hulking är en typ av bortskaffande av fartyg som innebär att man lämnar fartygets skrov intakt i vattnet men tar bort alla andra komponenter som behövs för att fartyget ska fungera. Skrovet kan förbli flytande i vattnet, men det kommer inte att vara möjligt att ta det fartyget till sjöss. Denna metod kräver också att alla giftiga och farliga material avlägsnas från fartyget, men genom historien har detta inte alltid gjorts. Att lämna giftiga material ombord kan leda till miljöproblem; målade skrov slutar ofta med att ruttna och släpper ut kemikalier i vattnet, vilket kan skada närliggande ekosystem.
Djupt vattensjunkning är en teknik för bortskaffande av fartyg som ofta används av olika militärer runt om i världen. Denna process innebär att sänka ett fartyg genom att använda det för målövningar efter att fartyget har tagits bort från giftiga material och annan potentiellt skadlig utrustning. Ett annat sätt som ett fartyg kan kasseras genom att sjunka är att använda fartyget som ett konstgjort rev. Båten kommer att sänkas i ett strategiskt läge och när den väl är på plats på botten av vattenmassan kan fiskar och andra havsdjur använda fartyget som en ny livsmiljö.
Olaglig skrotning av en båt kan också förekomma. Detta händer när ägaren av ett fartyg inte tar bort giftiga material och annat farligt avfall före skrotning. Denna praxis kan resultera i betydande böter för företaget och förödande miljöpåverkan, och även om det förekommer mindre i modern tid, är det fortfarande möjligt och har varit vanligt genom historien.