För enkelhetens skull kan det manliga reproduktionssystemet delas in i inre och yttre delar. Externt består systemet av penis och pungen. Inuti pungen finns testiklarna, epididymis och vans deferens. Andra inre delar av det manliga reproduktionssystemet inkluderar prostatakörteln, bulbourethralkörtlarna och urinröret.
Penis är en av de mest kända delarna av det manliga reproduktionssystemet, och den har två primära delar. Glansen, eller penishuvudet, är en del som tros avsevärt bidra till njutningen av en sexuell upplevelse, och den innehåller urinvägen, som är en öppning som tillåter urin och sperma att fly från kroppen. Den andra delen av penis är skaftet, som är den cylindriska delen av penis som stelnar och förlängs under sexuell upphetsning.
Under penis finns en säckliknande struktur som kallas pungen. Den innehåller två ovala delar som kallas testiklarna, som är ansvariga för produktionen och lagringen av spermier och produktionen av testosteron. Pungen huserar också bitestiklarna och vans deferens, som fungerar som ett rörnät för det manliga reproduktionssystemet. En annan viktig funktion hos pungen är att den genom expansion och sammandragning hjälper till att reglera temperaturen på testiklarna genom att utsätta dem för mer eller mindre kroppsvärme.
Seminal vesiklar är belägna nära basen av blåsan. Dessa små säckliknande strukturer ansluter till skåpbilarnas deferens. Majoriteten av sädesvätskan produceras av dessa strukturer. Dess bidrag är fruktosrikt och förser därmed spermierna med bränsle som den behöver för att vara rörlig.
Prostatakörteln är en inre del av det manliga reproduktionssystemet. Det är beläget under urinblåsan och spelar en roll i produktionen av sperma genom att bidra med vätskor som ger näring åt spermierna. Urinröret är en passage som transporterar urin från urinblåsan till urinröret. Denna passage, som går genom prostatakörteln, bär också sperma. Urinröret är strukturerat så att det inte tillåter blandning eller samtidig transport av sperma och urin.
På sidorna av urinröret finns bulbourethral körtlar, ibland kallade Cowpers körtlar. Dessa strukturer producerar en klar vätska som ofta utsöndras från penis under perioder när en man är sexuellt upphetsad men före varje utlösning. Det faktum att vätska produceras före utlösning är betydande, eftersom man tror att ett av dess syften är att tjäna som smörjmedel. När det rinner ut i urinröret, tros det också neutralisera surheten som kan bli resultatet av urin.