L-karnitin biverkningar är sällsynta. När symtom uppstår, märker dock individer ofta mindre till måttliga mag- och matsmältningsbesvär, huvudvärk och hudirritationer. Hos vissa upplevs blåsinfektioner, sömnstörningar och en ovanlig kroppslukt.
Som ett derivat av lysinaminosyran hjälper L-karnitin till att metabolisera fett. Den hjälp den ger är avgörande för god hälsa eftersom den levererar fettsyror direkt till cellmitokondrier. Om inte en person har brist på detta aminosyraderivat, finns det i allmänhet inget behov av att öka dess närvaro i kroppen. Även om det är lätt att komma åt genom konsumtion av mejeriprodukter och rött kött, köper många människor som undviker dessa livsmedel det istället i kosttillskottsform och är ofta nyfikna på några kända L-karnitinbiverkningar.
Individer som lider av hemodialys och åldersrelaterad minnesförlust kan också dra nytta av L-karnitin. Forskare är dock oklart om tillskott av denna aminosyra faktiskt kommer att förhindra sådana förluster. Eftersom sömnstörningar är en av de sällan rapporterade L-karnitinbiverkningarna, finner individer som tar det för att bromsa minnesförlust ofta att det är mindre effektivt.
Ibland hänvisas till helt enkelt som karnitin eller acetyl L-karnitin, biverkningar rapporteras mycket sällan hos friska individer. Få, om några, biverkningar noteras ens hos personer med andra hälsoproblem. Faktum är att hos vissa HIV-patienter är antivirala läkemedel som används för att behandla HIV-infektioner kända för att faktiskt orsaka en brist på L-karnitin. Biverkningar som dessa behandlas vanligtvis med karnitintillskott, vilket hjälper till att återställa hälsosamma nivåer av det i kroppen.
Även om de flesta inte upplever biverkningar av L-karnitin, rapporterar de som upplever problem vanligtvis milda till måttliga symtom och störningar som hudutslag, nästäppa, illamående, diarré och kräkningar. Flera har till och med rapporterat närvaron av en speciell kroppslukt som möjligen är ett resultat av kemiska interaktioner med tillskottet som äger rum i kroppen. Även om kroppslukt är en av de mindre vanliga biverkningarna av L-karnitin, har forskare funnit att den kan undvikas genom att också ta riboflavintillskott.
Även i frånvaro av några uppenbara fysiska L-karnitinbiverkningar rekommenderar läkare att personer som tar karnitintillskott också regelbundet genomgår kliniska undersökningar. Detta beror på att vissa L-karnitinbiverkningar endast upptäcks via medicinska tester. Forskare som testar barn med uppmärksamhetsstörningar har också funnit att tillskott av L-karnitin är något effektivt, men rekommenderar att sådan behandling endast ges under läkares vård så att biverkningar kan övervakas noggrant och behandlas om de uppstår.