Videokonferenser blir mer och mer ett populärt alternativ i affärs- och utbildningsvärlden, på grund av dess bekvämlighet och eliminering av resekostnader. Det finns dock några nackdelar med videokonferenser att tänka på också. För det första bör tekniska svårigheter förväntas när som helst teknik används; detta kan vara allt från mjukvaruproblem, problem med själva datorns hårdvara eller till och med omgivande distraktioner som gör det svårt att höra eller se, till exempel omgivningsljud på ett kontor. Vissa människor saknar också de personliga kopplingar som uppstår i en mer traditionell miljö, som ett handslag och ögonkontakt, som saknas i en videokonferens.
Kostnaden för att installera denna teknik är en annan av de vanligare nackdelarna med videokonferenser. Företag som har en hel del resekostnader för anställda kommer ofta att tycka att denna process är värt det, men vissa mindre företag kan tycka att kostnaderna för videokonferenser är oöverkomliga. Företag kommer också att behöva planera var de ska installera videokonferenserna; till exempel är ett konferensrum ett bra val, men då kan inte samma rum användas för möten om videokonferenser pågår. Även om det kanske inte är nackdelar med videokonferenser, är logistikfrågor som dessa något att tänka på.
Tekniska problem är några av de vanligaste nackdelarna med videokonferenser. Programvarufel är ganska vanliga, vilket kan kräva ett samtal till teknisk support, vilket avbryter hela schemat för konferensen. Kameran eller mikrofonen i datorn kan också misslyckas. Dessutom kan vissa kontor uppleva oväntade problem, såsom buller som kommer in från utsidan. Det finns många sätt att en videokonferens kan störas som vanligtvis inte skulle vara ett problem under en personlig konferens.
En annan av de största nackdelarna med videokonferenser är bristen på personlig kontakt. När man försöker utveckla en affärsrelation, eller till och med när man intervjuar någon för ett jobb, kan det vara viktigt att se hur personen hanterar sig själv i professionella situationer. Ett fast handslag och vänlig ögonkontakt är några av de bästa sätten att fastställa detta, men videokonferenser förhindrar detta. När tekniken fortsätter att förbättras kommer detta sannolikt att vara ett mindre problem, men det kommer fortfarande inte att finnas någon ersättning för att träffa någon personligen. Naturligtvis uppväger fördelarna med videokonferenser vanligtvis de få nackdelarna, men för vissa tillfällen finns det bara ingen ersättning för ett gammaldags möte från person till person.