Den viktigaste långtidseffekten av metadon är vanligtvis det minskade suget efter droger som heroin och morfin. Tyvärr är dock några av de långsiktiga effekterna av metadon mycket mindre trevliga. Till exempel kan en person uppleva andningsproblem, såsom otillräcklig andning, när han tar detta läkemedel under en längre tid. På samma sätt upplever vissa människor sexuella förändringar och hormonella obalanser som är relaterade till metadonanvändning. Beroende är också en av de långsiktiga effekterna av metadonanvändning, och människor kan drabbas av abstinensbesvär när de slutar ta det.
En av de långsiktiga effekterna av metadon är dess förmåga att hjälpa människor att bekämpa drogtillskott. Detta läkemedel används ofta för att hjälpa människor att övervinna suget efter andra droger som kategoriseras som opiater, vilket är narkotika som härrör från opium. För att denna effekt ska bli framgångsrik ordinerar en läkare vanligtvis en gradvis ökande dos av metadon och övervakar noggrant patientens svar på det, och så småningom stabiliseras dosen. Denna metod för gradvis introduktion till högre doser av metadon används för att förhindra eller minimera biverkningar av läkemedlet. Till exempel kan denna gradvisa ökning bidra till att minska sannolikheten för att läkemedlet kommer att ha en lugnande effekt på patienten; orsaka illamående, kräkningar eller förstoppning; eller påverka patientens hjärnfunktion.
De flesta som tar metadon upplever inga allvarliga hälsoproblem. I vissa fall kommer dock en person som tar denna medicin under en längre tid att uppleva problem som är relaterade till andningsorganen. Detta läkemedel kan också orsaka hormonella förändringar hos vissa patienter. Till exempel är det ibland förknippat med minskad produktion av hormonet testosteron. Vissa kvinnor som tar det kan också ha förändrade menstruationscykler.
Hos vissa människor inkluderar de långsiktiga effekterna av metadon de som är relaterade till sexuell funktion. Vissa människor kan uppleva en märkbart minskad lust efter sex när de tar det. Andra kan uppleva fysiska problem som hindrar dem från att ha tillfredsställande samlag. Till exempel kan en man bli impotent till följd av metadonbehandling. Sådana problem påverkar dock inte varje person som tar detta läkemedel, och sådana biverkningar kan bero på den dos individen tar.
Beroende är också en av de långsiktiga effekterna av metadonbruk. Även om metadon används för att minska en missbrukares sug efter andra droger, är det också beroendeframkallande. Om en person försöker sluta ta metadon efter en lång tids användning kommer han sannolikt att drabbas av abstinensbesvär. Bland dessa symtom är illamående och kräkningar, frossa, drogsug och muskelkramper.
En individ kan också uppleva överdriven svettning och frossa som ett symptom på metadonabstinens. Även om dessa symtom är obehagliga, tenderar de att vara mindre allvarliga än de man kan drabbas av när man drar tillbaka droger som heroin. Dessutom kan gradvis avvänjning av patienten från metadon bidra till att minimera abstinensbiverkningar.