I de klimat där butternut squash oftast odlas växer squashen under de varma sommarmånaderna och skördas tidigt på hösten innan den första frosten. Butternut squash är redo att skördas när de har nått full storlek och skalet har blivit grönt till brunt. Att se till att skalen är mogna innan du skördar butternutsquash är mycket viktigt eftersom det hårda svålet tillåter lång lagring. När squashen är redo att skördas ska de klippas från vinrankan, rengöras och förvaras på en sval, torr plats.
Trots att den kallas ”vintersquash” växer inte butternutsquash i kalla temperaturer. Växterna växer och frukterna utvecklas under varma sommarmånader, och squashen måste plockas innan det svalare vädret sätter in och ger frost. Allt som krävs är en frost för att döda plantorna och förstöra deras avkastning, så det är viktigt att skörda butternut squash i tid.
Butternut squash har mjuka, grönrandiga skal medan de växer och fortfarande är omogna. Att skörda butternut squash medan skalet fortfarande är mjukt och grönt kommer att resultera i hårt, smaklöst kött eftersom frukterna fortfarande är underutvecklade. Istället bör butternut squash skördas när skalen helt har förvandlats från glänsande grönt till en matt, medelbrun färg. Dessutom bör skinnen vara hårda och resistenta mot repor från en nagel innan de skördas. Stjälkarna ska vara tjocka och hårda och indikera beredskap för skörd när de börjar mörkna från grönt till brunt.
Mogen butternut squash som är redo för skörd bör noggrant trimmas från vinstocken, och lämna 1–2 tum (2.5–5 cm) av stjälk fäst vid squashen. Om du inte lämnar en stjälk kvar kommer det att resultera i en mjuk fläck på frukten som kan bjuda in insekter eller bakterier som orsakar för tidigt förfall. När du skördar butternut squash bör alla frukter med skärsår, mjuka fläckar, blåmärken eller saknade stjälkar läggas åt sidan. Dessa exemplar är fortfarande ätbara men bör ätas först eftersom de sannolikt ruttnar snabbt och inte lagras bra. Rutnande squash som lagras bland frisk squash kan påskynda att förstöra hela skörden.
Efter skörd av butternutsquash kan friska, mogna frukter förvaras på en sval, torr plats i flera månader. Källare eller rotkällare är ofta bra val så länge de inte är utsatta för fukt eller fukt under vintermånaderna. Temperaturer på cirka 50–55 grader Fahrenheit (cirka 10–13 grader Celsius) är idealiska för att lagra butternutsquash.