Traditionell basilikapesto innehåller mycket fett från tillsatt olivolja, ost och nötter. Även om fetterna från olja och nötter är omättade och allmänt anses vara hjärthälsosamma, kanske en kock vill förbereda en hälsosam pesto med mindre fett och färre kalorier genom att utelämna några eller alla ingredienser med hög fetthalt. En kock kan också utelämna osten eller ersätta en variant med lägre fetthalt för en hälsosammare pesto. Finns det inte basilika kan hon ersätta den med annat grönt, som argula eller grönkål.
Vanligtvis tillsätts nötter som pinjenötter eller valnötter till pesto för smak och konsistens. Nötter tillför både fett och lite protein till rätten. För att göra en hälsosam pesto, kanske kocken vill minska mängden nötter som läggs till receptet. Till exempel, om ett recept kräver en 1/4 kopp (25 gram) pinjenötter, kan hon minska mängden till 2 matskedar (12 gram). Valnötter innehåller mycket omega-3-fettsyror, så en kock kanske vill använda dem istället för pinjenötter.
För att minska kalorierna i hälsosam pesto ännu mer, kanske en kock vill skära ner på mängden parmesan eller annan hård, stark ost som används. En kock kan göra peston vegan genom att ersätta parmesanen med mjuk eller silkeslen tofu. Hon kan också använda delvis skummad ricottaost tillsammans med en liten mängd parmesan. Ricotta eller tofu ger såsen en boost av protein också. För en mer smakrik version kan hon prova att ersätta getost med parmesan och olivolja.
Oljan i många pestorecept kan också reduceras med upp till hälften för att minska på kalorier och fett. För att kompensera för minskningen av oljan måste kocken tillsätta ytterligare en vätska. Vatten kan användas för att tunna ut peston. Citronsaft ger såsen lite syrlighet. Om man minskar mängden olivolja bör en kock använda den bästa olja hon kan hitta för att se till att dess smak skiner igenom.
Hälsosam pesto är inte begränsad till endast basilikablad. Vissa kockar ersätter basilikan med persilja, särskilt under vintermånaderna när färsk basilika kanske inte är tillgänglig. Ett annat alternativ är att använda ruccola som ger peston en pepprig smak. För mer näringsämnen kan en kock lägga till en näve grönkål till peston tillsammans med basilikan.