Även om grekisk yoghurt är mångsidig och kan användas som ett substitut för många ingredienser med högre fetthalt och högre kalorier, kräver bakning med grekisk yoghurt viss omsorg för att uppnå bästa resultat. En av de viktigaste aspekterna av att baka med grekisk yoghurt i recept som inte specifikt kräver det är att titta på mängden vätska som tillsätts till smeten eller degen, eftersom det är mindre vätska i grekisk yoghurt än i ostressad yoghurt, mjölk och kärnmjölk. En annan sak att tänka på när du bakar med grekisk yoghurt är hur det kommer att påverka konsistensen av den slutliga bakade produkten, eftersom bristen på en ingrediens med hög fetthalt, som olja eller ägg, kan göra att den slutliga kakan, muffinsen eller kakan blir alltför mycket tät och potentiellt gummiartad. Även om grekisk yoghurt har mindre tendens att separera när den tillagas, kan mängden värme som kan användas när man bakar med grekisk yoghurt tvinga den att separera om inte extra ingredienser – som äggvita eller majsstärkelse – tillsätts för att motverka effekten.
Grekisk yoghurt görs på ett sätt som liknar de flesta andra typer av yoghurt, förutom att den silas nära slutet av bearbetningen för att skapa en tjockare, mindre vattnig konsistens. Detta innebär att recept som kräver ingredienser som gräddfil, färskost, vispgrädde eller till och med vissa typer av mjukostar kan ha grekisk yoghurt som ersättning utan någon modifiering av de använda mängderna. I många fall kan mer traditionella resultat från bakning uppnås om helfett grekisk yoghurt används, även om vissa modifieringar av recepten kan innebära att bakning med grekisk yoghurt som är fettfri eller med låg fetthalt också kan fungera.
När man bakar med grekisk yoghurt i ett recept där yoghurten används som ersättning för en flytande sak, måste man vara uppmärksam på andelen grekisk yoghurt som tillsätts i förhållande till den ursprungliga mängden som krävs. Den minskade mängden vätska i grekisk yoghurt i volym jämfört med mjölk, kärnmjölk eller grädde kan leda till en färdig produkt som är torr eller smulig. För att kompensera, bör antingen mer grekisk yoghurt läggas till smeten eller alternativt kan en viss mängd av en annan typ av våt ingrediens – som äppelmos – läggas till.
Om grekisk yoghurt används för att minska mängden fett i ett recept, kan konsistensen på de slutliga bakverken vara annorlunda än avsett. Kakor, muffins och kakor kan alla bli väldigt täta och sega om det inte finns tillräckligt med fett i degen eller smeten. Även om grekisk yoghurt kommer att ersätta det mesta av fettet i ett recept, bör en del av det ursprungliga fettet – oavsett om det är smör, olja eller äggulor – behållas för att bibehålla konsistensen.
Att baka med grekisk yoghurt kan göra att yoghurten går sönder och separeras i ostmassa och vassle. Detta beror på att värme kan göra att proteinerna i yoghurten griper, krymper och dras isär från den flytande vasslen. Ett sätt att undvika detta är att blanda den grekiska yoghurten med något, till exempel äggvita eller majsstärkelse, för att stabilisera proteinerna innan yoghurten läggs till resten av ingredienserna.