Även om det finns många tillgängliga antibiotika för att behandla bakterieinfektioner, anses vissa typer vara de bästa för behandling av klamydia. De två förstahandsantibiotika för klamydia som ordineras av de flesta läkare är azitromycin och doxycyklin. Erytromycin, ofloxacin och levofloxacin är alla läkemedel som också kan förskrivas, och amoxicillin används ibland för att behandla gravida kvinnor. Varje läkemedel har för- och nackdelar när det gäller dosering, pris och biverkningar.
Azitromycin anses vara en av de två bästa antibiotika för behandling av klamydia. Det är mycket lätt att ta, kräver bara en enda dos, och botar sjukdomen i 95% av fallen. Personer med kroniska, återkommande fall av klamydia klarar sig särskilt bra när de behandlas med detta läkemedel, och det anses säkert att användas under graviditet. Nackdelarna med läkemedlet är att det tenderar att vara dyrare än andra behandlingar och kan orsaka illamående eller kräkningar.
Den andra av de mest föredragna antibiotika för klamydia är doxycyklin. Detta läkemedel har använts för klamydiabehandling längre än någon av de andra och har, liksom azytromycin, 95 % framgång när det tas på rätt sätt. Doseringen är dock mycket mindre önskvärd, eftersom den måste tas fyra gånger om dagen i sju dagar, vilket gör det mer sannolikt att patienter inte kommer att följa kuren korrekt eller till slut. Det kan också orsaka illamående, kräkningar och svampinfektioner hos kvinnor och bör inte tas under graviditet eller amning. En fördel det har är att det är billigare än azytromycin.
Det finns flera andra mediciner som kan förskrivas som antibiotika mot klamydia som är kända för att vara effektiva vid behandling av sjukdomen. Ofloxacin och levofloxacin, två liknande läkemedel, har botningshastigheter som är jämförbara med azytromycin och doxycyklin, men kostar mer och kräver sju dagars doseringsregimer, samt orsakar risk för senskador under användning. Därför har de små fördelar jämfört med de andra drogerna. Erytromycin är ett annat alternativ; det är billigare än andra behandlingar, och gravida kvinnor kan ta det, men det är mindre effektivt än vissa av de andra läkemedlen, måste tas i sju dagar och kan orsaka kraftigt illamående och kräkningar. Amoxicillin rekommenderas också ibland för att behandla gravida kvinnor med klamydia, även om dess botningshastighet inte är lika hög som azytromycin och det måste också tas i sju dagar för att vara effektivt.