Valet av bästa antibiotika för gonorré kan bero på flera faktorer. Dessa inkluderar en individs tidigare svar på förstahandsmediciner och vilken typ av gonorré som finns. Det spelar också roll om individer samtidigt smittas av klamydia, vilket inte är särskilt ovanligt. I dessa fall kan mer än ett antibiotikum behöva prövas.
Från och med 2007 publicerade US Centers for Disease Control (CDC) tydliga guider om hur man väljer de bästa antibiotika för gonorré. Strax före denna publikation visade studier att en vanlig grupp av antibakteriella läkemedel, kallade florokinoloner, hade börjat vara ineffektiva och stammar av den sexuellt överförbara sjukdomen visade motstånd mot den. Som det visar sig har gonorré betett sig så här tidigare med andra antibiotika. Det svarar normalt inte heller på behandling med läkemedel som penicillin eller tetracyklin.
CDC utfärdade rekommendationer för de bästa medicinerna för gonorré baserat på denna nyupptäckta resistens mot florokinoloner, vilket tyder på att personer med enkla fall av gonorréinfektion i könsorganen får en enda intramuskulär injektion av ceftriaxon. Detta är ett cefalosporinläkemedel. Ceftriaxon är också indicerat för behandling av gonorré som uppstår i halsen, kallad faryngeal gonorré.
Om sjukdomen kompliceras av infektion med klamydia, tillsätts vanligtvis ett andra oralt antibiotikum och detta kan vara en av flera typer och kan inkludera vanliga läkemedel som Zithromax®. Det finns också några mediciner som liknar ceftriaxon som inte är tillgängliga i USA, och dessa kan vara idealiska substitut. Dessutom, om gonorré är en komplicerad infektion, kan den första injektionen följas upp med orala doser av antibiotika.
I vissa fall ställer ceftriaxon till problem. Eftersom det är ett cefalosporin, är vissa människor allergiska mot det om de är allergiska mot penicillin. Ett alternativ är att leta efter den näst bästa antibiotikan mot gonorré. Läkemedel som doxycyklin eller klaritromycin kan användas istället. Ett annat tillvägagångssätt är att använda desensibilisering av läkemedlet innan det ges. De flesta gånger är det inte nödvändigt att göra detta, och andra droger kommer att ersätta det på ett adekvat sätt. Det är känt att läkemedel som Zithromax® kommer att behandla okomplicerad gonorré, men det finns oro för att stammar av gonorré i slutändan också kommer att motstå azitromycin.
En fullständig undersökning och historia av en patients läkemedelsallergi är viktig för att välja de bästa antibiotika för gonorré. Läkare använder riktlinjer men fattar beslut från fall till fall. Dessa beslut kanske inte alltid är identiska med riktlinjerna. Dessutom måste läkare fortsätta att bedöma en patients tillfrisknande. Ibland krävs ytterligare behandling även om den bästa och mest rekommenderade behandlingen har använts.