Behandlingen av genitala vårtor under graviditeten är ofta lite annorlunda än de behandlingar som används för en icke-gravid person. Vissa mediciner kanske inte är säkra att använda på eller inne i slidan när en kvinna är gravid. Istället kan läkare rekommendera sådana behandlingar som att frysa könsvårtorna, vilket kallas kryoterapi, eller laserborttagning. Läkare kan också rekommendera behandling med ett aktuellt läkemedel som kallas triklorättiksyra (TCA). Många av de andra vanliga utvärtes behandlingar är förbjudna eftersom de har potential att skada en kvinnas ofödda barn.
En av de mest använda metoderna för att behandla genitala vårtor under graviditeten är kryoterapi. Denna behandling innebär applicering av flytande kväve på könsvårtor. Könsvårtorna fryses och får sedan gradvis tina. Efter behandlingen dör vävnaden som utgör könsvårtorna gradvis och faller av. I många fall räcker dock inte en kryoterapibehandling för att bli av med könsvårtor; upprepade behandlingar är ofta nödvändiga.
Laserborttagning är också en av de vanligaste behandlingarna för genitala vårtor under graviditeten. För denna behandling koncentreras intensivt ljus på vårtorna. Detta förstör vårtvävnaden utan att skada det utvecklande barnet. I de flesta fall kan borttagning av könsvårtor med laser utföras utan att skada den omgivande kroppsvävnaden och kan orsaka mindre smärta än kryoterapi. Det kan dock visa sig vara ett dyrare alternativ, och det finns en viss chans att vårtvävnaden så småningom kan komma tillbaka.
TCA är en aktuell behandling som även används för könsvårtor under graviditet. Många av de andra topikala behandlingarna används inte under graviditeten eftersom de kan vara farliga för det ofödda barnet. Tyvärr kan vissa aktuella läkemedel absorberas genom huden och orsaka fosterskador.
Att behandla genitala vårtor blir dock inte av med viruset som orsakar dem. Detta innebär att behandlingar syftar till att ta bort vårtvävnaden, inte att bota patienten från könsvårtor. Viruset kan så småningom orsaka nya vårtor och kan överföras till en annan person.
Vissa kvinnor kan välja att vänta tills de har fött barn istället för att välja att behandla könsvårtor under graviditeten. I vissa fall kan detta fungera bra. I andra kan dock genitala vårtor bli tillräckligt stora för att hindra barnets rörelse genom födelsekanalen, eller så kan de orsaka överdriven blödning. I ett sådant fall kan en läkare rekommendera ett kejsarsnitt istället.