Beroende på sjukdomens svårighetsgrad finns ett antal olika behandlingsalternativ tillgängliga för patienter med ett överaktivt autonomt nervsystem. Detta tillstånd kan orsakas av en annan störning, såsom alkoholism eller diabetes, och när det är möjligt kan behandling av dessa sjukdomar helt bota problemen i det autonoma nervsystemet. För fall som uppstår spontant finns det inget botemedel, även om det finns livsstilsförändringar och mediciner som kan hjälpa patienter att hantera de negativa effekterna av dessa störningar. Vilken typ av behandling som används beror ofta på symtomens svårighetsgrad.
I vissa fall kan en patient utveckla ett överaktivt autonomt nervsystem eftersom han eller hon har ett annat medicinskt problem. Alkoholism har varit känt för att störa funktionen hos detta system, och i ett sådant fall skulle behandlingen innebära att man avstår från alkohol och ger kroppen tid att läka från skadan som orsakats av för mycket drickande. Patienter med diabetes kan också uppleva problem med det autonoma nervsystemet, och även om denna sjukdom inte kan botas, kan många av symtomen elimineras genom att hantera den väl. Vissa typer av virusinfektioner kan också orsaka störningar i det autonoma nervsystemet, som kan försvinna av sig själva när infektionen har undertryckts.
I många fall går det dock inte att bota ett överaktivt autonomt nervsystem. Patienter med vissa genetiska störningar; degenerativa sjukdomar, såsom Parkinsons sjukdom; eller skador som har skadat de delar av hjärnan som styr det autonoma nervsystemet kan behöva hantera denna störning hela livet. I lindriga fall som påverkar patienten endast intermittent eller som bara höjer blodtrycket och hjärtfrekvensen något, kan en patient kunna hantera symtomen med stressreducerande tekniker. En rätt kost, en hög nivå av fysisk kondition och en positiv syn på livet kan alla hjälpa till att lugna patienten och dämpa adrenalinflödet som får systemet att överreagera. Djupa andning och meditation är också till hjälp, särskilt när en patient lider av en attack.
Mer allvarliga fall kan kräva användning av medicin eller annan medicinsk intervention. Vissa mediciner kan användas för att sänka blodtrycket och hjärtfrekvensen medan andra kan hjälpa en patient att känna sig mindre orolig. Kirurgiska ingrepp som gör att hjärtat kan slå normalt kan också vara tillgängliga för patienter med allvarliga problem som påverkar hjärtats rytm.