För- och nackdelar med Atkins diet inkluderar dess kolhydrat- och fettintag, främst att dess låga kolhydratinnehåll är ett plus och dess höga innehåll av mättat fett är en nackdel. De stora portionsstorlekarna som tillåts på kosten kan ses som ett proffs genom att dietare sannolikt inte känner sig hungriga, men en nackdel är att ett överskott av proteiner sannolikt kommer att konsumeras. Snabb initial viktminskning ses som ett proffs men brist på fibrer verkar vara en nackdel.
En diet som är låg i kolhydrater som Atkins-planen minskar vanligtvis många tidigare källor till fett och kalorier i en överviktig persons kost, så viktminskning upplevs vanligtvis redan från början. Ändå, tillsammans med denna fördel i Atkins diet för- och nackdelar, kommer ofta nackdelen att endast ”vattenvikt” går ner, så det kanske inte slutar med att stanna. På proffssidan kan diabetiker kanske uppnå bättre sockerkontroll då insulinreglering är lättare i kroppen på en lågkolhydratdiet. På minussidan kan diabetiker och andra som är benägna att förstoppa vara ännu värre eftersom att äta tillräckligt med fibrer ofta är svårt för många människor på Atkins-dieten. Eftersom proteinkällor som kött inte är begränsade, kan dieter välja en andra portion av en proteinförpackad mat istället för att inkludera lämpliga mängder fiberrika grönsaker som en del av sin måltid.
Eftersom kolhydrater ska undvikas så mycket som möjligt enligt Atkins-planen, finns inte heller fullkornsfibrer. För att ersätta bristen på spannmål, konsumeras mer proteinmat som kött och ost vanligtvis av Atkins dieter eftersom portionerna inte är begränsade. Den höga mängden proteinmat från animaliska källor innebär vanligtvis ett överflöd av mättat fett som är kopplat till dålig hjärthälsa och kan också påverka njurarnas tillstånd. Å andra sidan, eftersom kolhydrater avskräcks, konsumerar Atkins dietare inte en stor mängd kalorier och fetter från ”tom” eller ”skräp” mat som pommes frites och kakor. Andra Atkins-diet-för- och nackdelar gäller frågan om näringsämnen.
Om Atkins dieter äter stora proteinportioner och mindre mängder grönsaker samt mycket begränsade fullkornsmat, är en brist på viktiga näringsämnen sannolikt. Många läkare och nutritionister råder att ta multivitaminer inte är ett bra substitut från att få näring från matkällor. För- och nackdelar med Atkins kost inkluderar ofta mer än tillräckligt med protein, järn och kalcium, men en otillräcklig mängd av många andra vitaminer och mineraler som behövs för god hälsa.