Läkemedelsmetabolism, som är den biokemiska översättningen av läkemedel av inre mänskliga organsystem, kan hindras eller påskyndas av flera faktorer. Modifierad metabolism av läkemedel kan leda till förgiftning, vilket är en överdriven aktivering av den kemiska föreningen, eller avgiftning, som är en överdeaktivering. Dessa processer kan orsakas av faktorer som absorption och biotillgänglighet, patogenes och hämning av vissa enzymatiska vägar. Majoriteten av läkemedelsmetabolismen sker i levern – andra mindre aktiva platser finns i mag-tarmkanalen, lungorna och njurarna. Av denna anledning fokuserar studier gjorda på faktorer som är kända för att störa läkemedelsmetabolismen på dessa system, i synnerhet.
Absorptionen och den efterföljande biotillgängligheten av aktiva läkemedelsföreningar är ofta den första interferensen som beaktas när man studerar läkemedelsmetabolism. Absorption och biotillgänglighet dikterar hur snabbt och i vilken nivå ett läkemedel når sitt målorgan. I detta avseende påverkar dessa processer i hög grad hastigheten med vilken läkemedelsmetabolism äger rum. Felaktig absorption kan orsakas av sjukdomar eller felfunktion i mag-tarmkanalen; det kan också variera beroende på ett läkemedels farmakologiska administreringsmetod. Administreringsmetoder som kräver att läkemedlet passerar genom magen kan till exempel påverkas av patientens specifika absorptionshastighet. Patienter som har en surhet i magen som är lägre än ett normalt pH kan ha problem med att absorbera många läkemedelsföreningar.
Mat och andra läkemedel kan ibland också störa absorptionshastigheten. Till exempel har fiberrik mat en tendens att binda till många föreningar, vilket hindrar dem från att absorberas i normal hastighet. Receptfria laxermedel och diuretika kan påverka hur mycket aktivt läkemedel som finns kvar i systemet, vilket avgör dess effektivitet efter metabolisering. Enzymatiska vägar, avgörande för metabolismen av läkemedel, kan hindras av vissa livsmedel och andra mediciner som patienten ordineras. I dessa fall använder kemikalier som är inneboende i mat, som grapefrukten, till exempel samma enzym för ämnesomsättningen som många läkemedel gör. Om både maten och medicinen tas samtidigt kan ämnesomsättningen av läkemedlet hämmas avsevärt.
Inuti levern indikeras en organell som kallas det grova endoplasmatiska retikulumet i den initiala metabolismen av läkemedel. När läkemedlet passerar in i detta system, äger de första stadierna av läkemedelsmetabolism rum. Denna fas kallas läkemedlets första passage, och hänvisar till dess första passage genom organet för huvudmetabolismen, levern. Alla mekaniska fel eller sjukdomar som finns i levern kan påverka läkemedelsmetabolismen vid det första passet.