En flygläkare utför fysiska kontroller på potentiella eller nuvarande flygledare och piloter för att hjälpa till att avgöra om de är lämpliga att utföra de uppgifter som krävs av dem. Det fysiska inkluderar att få en detaljerad medicinsk historia och att avgöra om patienten har några hälsoproblem som kan försvåra hans eller hennes arbetsprestation eller utsätta andra för risker. Flygläkaren lämnar sedan denna information tillsammans med en rekommendation till läkarintygsnämnden. En person kan utföra dessa uppgifter som en del av sin vanliga praktik, eller arbeta för ett flygbolag, flygplats eller pilotutbildning i samband med sin vanliga kliniska praktik.
Den första delen av en rättsläkares jobb är att få en fullständig medicinsk historia från patienten. Detta inkluderar att begära en anamnes från patientens primärvårdsläkare och att förhöra patienten under undersökningen. Nödvändig information inkluderar vanligtvis en familjehistoria av genetiska hälsoproblem, hjärtproblem och andra medicinska problem som kan ha överförts till patienten. En flygläkare måste också inhämta information från patienten om hans eller hennes tidigare hälsoproblem, hans eller hennes nuvarande hälsotillstånd och information om aktuella mediciner.
En fysisk undersökning av patienten är också en del av att vara flygläkare. Under denna del av jobbet kommer läkaren att testa patientens rörelseomfång, lyssna på hans eller hennes hjärta och kontrollera reflexer. Ett detaljerat syntest, som kontrollerar patientens syn och perifera syn, görs också.
När all nödvändig information har samlats in, organiserar flygläkaren informationen enligt den utfärdande myndighetens riktlinjer och lämnar in den på patientens vägnar till myndigheten. Baserat på flygläkarens utbildning kommer läkaren vanligtvis att inkludera information om huruvida patienten uppfyller alla krav för den klass av läkarintyg som han eller hon begär. I många fall kommer undersökaren också att ge en kopia av sin rapport till patienten.
I de flesta länder krävs en flygläkare för att upprätthålla en klinisk medicinsk praxis samtidigt som de utför undersökningar för piloter och flygledare. Majoriteten av flygläkare har en vanlig praktik eller arbetar för en praktik och tillhandahåller tjänster till lokalbefolkningen som vill få ett läkarintyg. I vissa fall kommer en flygläkare att få ett kontrakt med ett flygbolag eller pilotskola och tillhandahålla medicinska undersökningar specifikt för dem som arbetar för flygbolaget eller skolan, eller för potentiella piloter.