En båtkapten är chef för fartyget. Han övervakar besättningen och hela båtens gång. Kaptener kan behöva ha en licens, beroende på vilken typ av båt de är ansvariga för, till exempel ett kryssningsfartyg eller fiskefartyg. Beroende på land kan båtkaptener klassificeras som ”Senior” eller ”Master” och ha lämpliga identifieringslicenser. En båtkapten gör praktiska uppgifter som att styra fartyget, men använder också regelbundet problemlösnings- och planeringsförmåga.
Att förstå väderförhållanden, vattenkanaler och havslagarna på internationella platser är en båtkaptens ansvar. Kaptenen måste ha kunskap om alla aspekter av att köra en båt även när han delegerar uppgifter till besättningsmedlemmar. Delegerar mest till en styrman som rapporterar till honom, båtens kapten kan inte missa några detaljer. Han måste vara säker på att båten underhålls och går på kurs.
Att planera och genomföra säkerhetsstrategier mot möjliga hot som de från pirater eller terrorister är kaptenens ansvar. Han måste också vidta säkerhetsåtgärder mot att ha fripassagerare, eller obehöriga passagerare, ombord. Att regelbundet inspektera fartyget är något en båtkapten gör. Kaptener måste se till att fartygets verksamhet håller sig inom lagen i alla avseenden; detta inkluderar beteendet hos passagerare och besättning. Båtkaptener har auktoritet över både besättning och passagerare.
Kaptenen ansvarar även för lastens skick. En båts last kan vara en oförgänglig produkt som textilier eller det kan vara färskvaror som färsk fisk och skaldjur. En båtkapten ansvarar för försäljningen av lasten och för register, såsom tull- eller immigrationspapper.
Besättningens säkerhet är något kaptenen hela tiden måste fokusera på. Han måste se till att statliga och andra säkerhetsstandarder upprätthålls ombord. Båtkaptener samarbetar med annan fartygspersonal, till exempel en hamnlots, för att hålla fartyget på sin kurs samt se till att alla signaler, mätare och vattendjupsmätutrustning förblir i fungerande skick. Fartyget ska ha lämpliga flytvästar, räddningsbåtar och annan livräddningsutrustning. Regelbundna säkerhetsövningar måste övervakas av båtkaptener.
Vid en olycka eller kollision till sjöss ska en båtkapten fatta det slutgiltiga beslutet om vad som ska göras. Till exempel, om en besättningsmedlem är allvarligt skadad, kan kaptenen besluta att ordna med luftevakuering av individen. Om ett visst val inte är möjligt är det kaptenens plikt att komma på det bästa alternativet i varje enskild situation.