Tredomänsystemet är en metod för att klassificera cellulärt liv som ursprungligen föreslogs av Carl Woese 1990. Medan tredomänsystemet mötte en del initialt motstånd har det sedan dess blivit allmänt accepterat, tack vare vetenskapliga upptäckter som har stött Woeses förslag . Under tredomänsystemet kan allt cellulärt liv delas in i tre domäner: Archaea, Bacteria och Eukaryota, och varje domän kan delas in ytterligare i kungadömen, phyla, klasser och så vidare.
Detta klassificeringssystem skiljer mellan eukaryota organismer, organismer som har celler som inkluderar en kärna, och två typer av prokaryota organismer, organismer med celler som saknar kärna. Ursprungligen klumpades båda Archaea och Bacteria ihop som prokaryoter, även om varje grupp hade sitt eget kungarike. Woese hävdade att Archaea och Bakterier var så distinkta att de faktiskt hörde hemma i separata domäner, inte bara separata kungadömen.
Skillnaderna mellan Archaea och Bakterier har främst att göra med komplex genetik. När Woese först publicerade sitt förslag, verkade genetisk forskning tyda på att de två kungadömena härstammade från en gemensam förfader, och att de var tillräckligt lika för att de inte krävde separata domäner. Som ett resultat av detta sågs tredomänsystemet till en början med skepsis.
Ytterligare forskning visade dock att Woese faktiskt hade rätt, och att dessa organismer var så genetiskt distinkta att de behövde sina egna domäner. Archaea och Bacteria är båda prokaryota, men deras cellulära strukturer är markant olika, och de har mycket distinkt ribosomalt RNA, vilket indikerar att dessa domäner divergerade för mycket länge sedan och är i stort sett orelaterade. Systemet med tre domäner för att klassificera organismer verkar vara mer exakt än tidigare system nu när bevis som stöder det har upptäckts.
Inom Archaea finns bara ett rike, även kallat Archaea. Bakteriedomänen är också värd för bara ett kungarike, känt som bakterier. Eukaryota kan delas in i fyra kungadömen: djur, växter, svampar och protister. Inom varje domän finns det en enorm mångfald av liv, allt från extremofila Archaea som trivs i miljöer som skulle döda det mesta annat liv på jorden till ömtåliga tropiska orkidéer i växtriket.
Detta system är särskilt viktigt för människor som studerar prokaryota organismer, eftersom tredomänsystemet understryker skillnaden mellan Bakterier och Archaea. Forskare specialiserar sig vanligtvis på det ena eller det andra och använder genetisk forskning för att lära sig mer om organismerna de studerar. Vissa människor använder fortfarande tvåimperiets system, som delar upp cellulärt liv i Prokaryota och Eukaryota, och sedan i respektive kungadömen, men detta blir allt mer sällsynt.