SYBR Green® är ett fluorescerande färgämne som binder till dubbelsträngat DNA med stor specificitet. Det används i stor utsträckning inom molekylärbiologisk forskning för att kvantifiera och visualisera dubbelsträngat DNA. SYBR Green® är ett syntetiskt färgämne, som introducerades i början av 1990-talet av Molecular Probes®, Inc., ett dotterbolag till Invitrogen&trade Corporation. Det är ett asymmetriskt cyaninfärgämne, cyaniner är en familj av syntetiska organiska färgämnen som används i fotografi, CD-R- och DVD-R-media och i en mängd olika molekylärbiologiska forskningsapplikationer.
Flera funktioner gör SYBR Green® särskilt användbar som nukleinsyrafärgning. Den är stabil över ett intervall av temperaturer, vilket innebär att den kan användas för att övervaka biokemiska reaktioner som sker vid höga och låga temperaturer. Det binder icke-kovalent till ytan av DNA, vilket betyder att det inte kommer att störa aktiviteten hos de flesta nukleaser och DNA-polymeraser. Det binder också till nukleinsyror över ett dynamiskt linjärt område på upp till fyra storleksordningar, så det kan ge en exakt kvantifiering av DNA över ett brett spektrum av koncentrationer.
De vanligaste laboratorieanvändningarna av SYBR Green® är att detektera dubbelsträngat DNA i realtidspolymeraskedjereaktion (PCR) och i akrylamidgeler. PCR är en teknik för att amplifiera några kopior av DNA genom upprepade cykler av DNA-replikation. Realtids-PCR mäter amplifieringen när den äger rum, och eftersom SYBR Green® binder till dubbelsträngat DNA, gör mätning av fluorescensemissionen av DNA-färgämneskomplexet det möjligt för forskaren att kvantifiera mängden DNA som produceras. När PCR-cyklerna fortskrider, sker en ökning av fluorescensen proportionell mot mängden PCR-produkt som produceras.
Akrylamidgeler finns överallt i molekylärbiologiska laboratorier, eftersom de tjänar det vanliga syftet att separera DNA-fragment efter storlek. SYBR Green® låter forskaren visualisera DNA i en akrylamidgel genom att lysa ljus med lämplig våglängd på den. Andra användningsområden för SYBR Green® inkluderar detektion av nukleinsyror i lösning, i biochipapplikationer och i flödescytometri. DNA-färgämneskomplexet absorberar blått ljus vid 488 nm och avger grönt ljus vid 522 nm.
SYBR Green® är mycket känslig; det är 25 gånger känsligare än etidiumbromid, ett annat vanligt använda färgämne för att visualisera DNA. Den höga affiniteten hos SYBR Green® för dubbelsträngat DNA gör det användbart för att detektera prover av DNA med lågt kopietal. Det binder företrädesvis dubbelsträngat DNA, men det kan också binda enkelsträngat DNA med reducerad fluorescens. Som med vilken DNA-bindande molekyl som helst, kan SYBR Green® orsaka mutationer och är ett möjligt cancerframkallande ämne. Det är dock säkrare att arbeta med och lättare att kassera än etidiumbromid.