Det finns många skillnader mellan lean och agile tillverkning, inklusive produktionsstil, lagernivåer och anpassningsförmåga. En lean manufacturing-teknik är baserad på massmonteringslinjestrategin med en blandning av anställda och maskiner som skapar produkter från de minsta komponenterna till de större externa monteringarna. Däremot beror smidig tillverkning huvudsakligen på produktionsautomation och modulära delar för att bilda en önskad produkt.
En huvudskillnad mellan lean och agile tillverkning är produktionskonfigurationen. Lean manufacturing är starkt beroende av anställda för att fysiskt konstruera en del eller grupp av delar; den produktdelen skickas till en annan anställd för bifogning av ytterligare komponenter. Automatiserade maskiner kan läggas till längs medarbetarnas monteringslinje för mer exakt tillverkning, till exempel justering av elektroniska komponenter på ett tryckt kretskort (PCB).
Som jämförelse använder agil tillverkning automation som sin huvudsakliga produktionsstrategi. Antalet anställda minskas för att spara på arbetskostnaderna; arbetarna som är kvar längs produktionslinjen är normalt närvarande för att justera eller reparera robotmaskinerna vid behov, snarare än för att fysiskt skapa en produkt. Som ett resultat är tillverkningslinjen effektiv och kostnadseffektiv för företag och konsumenter.
Lagernivåerna varierar mycket mellan dessa två tillverkningsstilar. Lean manufacturing kräver många små delar, från brickor till skruvar, för att konstruera en produkt; överflöd av olika delar bidrar till höga lagerlagringsavgifter. Däremot beror smidig tillverkning på en modulär delkonstruktion. Denna standardiserade delstruktur gör att olika produkter kan tillverkas med samma fåtal moduler i lager vilket bidrar till lägre utbudsnivåer.
Lean och agila tillverkningsprocesser skiljer sig också åt när det gäller hur lätt produkter kan anpassas under varje system. Att ändra någon del av en produkt i lean produktion för att anpassa dess funktion eller utseende kräver en omdesign av de interna och externa delarna, samt generering av prototyper för att verifiera funktionalitet. Anpassade produkter är extremt dyra på grund av de höga kostnaderna för denna forskning och design. Dessutom avbryts produktionslinjen medan den uppdateras för att producera den skräddarsydda produkten, vilket negativt påverkar normala tillverkningstider och kostnader.
Däremot kan agil produktion ta emot kundanpassade produktorder eftersom den modulära konstruktionen snabbt kan ändras. Produktionslinjen behöver helt enkelt anpassa eller lägga till nya moduler till den befintliga produkten. Som ett resultat kan konsumenten förvärva en konkurrenskraftigt prissatt specialanpassad produkt utan att hindra den normala affärsproduktionslinjen. Många konsumenter kommer att söka produkter från företag som kan specialisera sig på detta sätt. Både lean och agila tillverkningsprocesser kan tillfredsställa kundernas behov, men med en direkt effekt på slutproduktens kostnad.