Både spionprogram och virus skadar datorprogram eller filer som kallas skadlig programvara, men de sprids på olika sätt. En viktig skillnad mellan datorspionprogram och virus är att spionprogram snokar in i datoraktiviteter, ofta skickar information om användaren till en tredje part, medan ett virus inte gör det. En annan viktig skillnad är att till skillnad från spionprogram gör ett virus ofta kopior av sig själv och försöker använda en dator för att sprida viruset till andra. Även om båda kan påverka en dators funktion negativt, försöker spionprogram sällan att skada systemet, medan virus ofta orsakar mycket mer bestående skada.
Spionprogram och virus läses vanligtvis båda in på en dator utan att användaren är medveten om det och körs utan användarens vetskap eller samtycke. Det typiska leveranssättet för spionprogram är i en bunt med andra filer eller program som datoranvändaren väljer att ladda ner. Spionprogram smyger sig in i användarens system tillsammans med önskat material. Virus sprids dock oftast som bilagor till e-post eller via snabbmeddelanden, även om de också kan döljas i nedladdat material.
Även om de båda kan skada en dator, finns en annan skillnad mellan spionprogram och virus i det primära syftet med skadlig programvara. Spionprogram är utformat med syftet att registrera en datoranvändares aktiviteter och vidarebefordra den informationen till en tredje part. Den kan spåra en persons datoranvändningsvanor och överföra informationen till annonsörer och andra. En annan, farligare, användning kan stjäla privat information som e-postadresser, lösenord, kreditkortsnummer och andra viktiga personliga uppgifter och överföra den till en hackare eller identitetstjuv.
Det primära syftet med ett virus är att kopiera och sprida sig själv. Det kommer ofta att replikera sig själv flera gånger, vilket förbrukar datorns resurser och gör att systemet misslyckas. En annan vanlig virustaktik är att komma åt en datoranvändares e-postadressbok och skicka kopior av sig själv till alla adresser. Den kan också försöka använda andra överföringsmetoder där en dator kommunicerar med en annan, till exempel i fildelningstjänster och snabbmeddelanden. Spionprogram gör inte kopior av sig själva eller överför sig själva till andra datorer som använder det infekterade systemet.
En annan skillnad mellan spionprogram och ett virus handlar om författarens avsikt. Spionprogramförfattaren vill vanligtvis samla information som kommer att användas för olika ändamål. Spionprogram behöver ett operativsystem för att åstadkomma detta så det skadar sällan datorn, även om det använder datorns resurser och kan få den att gå långsammare. Virus skrivs ofta med mer destruktiva avsikter och gör ofta datorsystem och nätverk oanvändbara. Efter att de har spridit sig orsakar virus ofta bestående skador på operativsystemet och hårdvaran.