Skillnaderna mellan smör och margarin beskrivs ibland som nominella, i allmänhet av anhängare av margarin, eller väsentligt olika, som rapporterats av pro-smör eller hälsoexperter. Det finns flera artiklar av tvivelaktig äkthet som svävar runt på Internet som till och med hävdar att margarin bara är en molekyl från att bli plast. Den mest grundläggande skillnaden mellan dessa två ämnen är dock att smör kommer från animaliskt fett medan margarin kommer från hydrerade vegetabiliska oljor.
Smör är en mycket äldre livsmedelsprodukt än margarin. Smör framställs av den feta grädden av komjölk, även om annan animalisk mjölk kan användas. Fettmolekylerna hålls vanligtvis i suspension i grädden, men stadig omrörning i en smörkärna gör att fettmolekylerna klänger sig fast och så småningom faller ut ur grädden som en tjock smörmassa. Salt tillsätts ofta till det råa smöret, men är inte absolut nödvändigt. Kärnat smör består nästan uteslutande av mättat fett, tillsammans med en betydande mängd naturligt kolesterol.
Margarin, å andra sidan, är en tillverkad livsmedelsprodukt designad specifikt för att vara en smörersättning 1869. De tidiga margarinprodukterna använde nötköttsfett som ingrediens, men de flesta margarinformler ändrades till vegetabiliska oljor i början av 20-talet. Den normalt flytande vegetabiliska oljan stelnar genom en process som involverar vätgasbubblor som passerar genom blandningen. Resultatet är en fast smörersättning utan kolesterol och lite om något mättat fett. Margarin innehåller dock fleromättade och transfettsyror, vilket många hälsoexperter anser vara ohälsosamt för människor på grund av deras artärtäppningstendenser.
Smör och margarin skiljer sig också i hållbarhet. Smör måste förvaras i kyl för att hålla sig färskt i flera dagar. Margarin bör kylas för att behålla sin fasta form mellan användningarna, men det kan förbli stabilt mycket längre än smör. Smör, som många andra mejeribaserade livsmedelsprodukter, kan bli bortskämda eller härskna utan korrekt förvaring och kylning. Smör och margarin kan båda användas i recept, men smör verkar vara standardvalet för professionella kockar, medan margarin gynnas av mer avslappnade kockar. Smör är ofta dyrare än margarin, och skillnaden i smak eller konsistens mellan smör och margarin kan vara mycket subtil beroende på kvaliteten på de varumärken som används.