Skillnaden mellan protozoer och metazoer är att protozoer är encelliga organismer medan metazoer är flercelliga. Definitionen av metazoer är relativt tydlig för de flesta exempel, liksom protozoer, även om båda har luddiga kanter. Termen ”protozoer” (som betyder ”första djur”) hänvisar till alla djurliknande encelliga organismer, medan växtliknande encelliga organismer kallas alger. Men det finns organismer som suddar ut de två: till exempel har algen Dinobryon kloroplaster, men den kan också röra sig och livnära sig på organiskt material. Många till synes encelliga organismer ordnar sig också i trådliknande eller sfäriska kolonier, såsom cyanobakterier eller krolofyten Volvox.
Termen ”protozo” täcker i princip alla encelliga organismer som inte är ett djur, växt, bakterier eller svamp. Per definition är varje medlem av kungariket Animalia flercellig, och ett annat namn för kungariket är faktiskt Metazoa. Stationära fotosyntetiska encelliga organismer är inte protozoer delvis eftersom suffixet -zoa betyder djur, och dessa är uppenbarligen inte alls djurlika. Protozoer är alltid rörliga, eftersom det inte finns några protozoer som kan överleva genom stationär filtermatning, i motsats till de många djur som svampar, koraller, havstulpaner, limpets och brachiopoder som gör det.
Protozoer varierar i storlek från 10–50 mikron (miljondelar av en meter), men några få arter är så stora som 1 mm. Metazoer sträcker sig från cirka 50 mikron, som i de minsta copepoderna, till blåvalen (34 m eller 111 fot), lejonmaneter (36.5 m eller 120 fot) och skosnörsmask (55 m eller 180 fot). Den utdöda dinosaurien Amphicoelias fragillimus kan ha varit 60 m (197 fot) eller längre. Så som vi ser kan de största metazoerna vara så mycket som en miljon gånger större än en typisk protozo, även om de flesta metazoerna är små i storlek, mindre än en mm långa. Makroskopiska metazoer som människor är i minoritet.
Man tror att metazoer utvecklades från protozoer för ungefär 600 miljoner år sedan, även om molekylära systematiska bevis tyder på ännu tidigare. Eftersom de första metazoaniska djuren måste ha varit mycket små och endast bestod av mjuk vävnad, skulle de inte ha fossiliserats så bra, även om en av de tidigaste kända metazoanfossilen, ett litet sfäriskt djur som heter Vernanimalcula guizhouena, var en mjuk varelse bara 0.1 till 0.2 mm i storlek, knappt tillräckligt stor för att se, och ungefär lika bred som ett människohår.