Skelettsystemet är stödet för kroppen. Det skyddar organen och ger förankring för ligament, senor och muskler som tillåter rörelse. Även om både manliga och kvinnliga skelettsystem innehåller samma antal ben, finns det skillnader mellan dem. Skillnaderna mellan mäns och kvinnors skelettsystem är strukturella och inkluderar områden som bäcken, skalle och lemmar. Benmassan och utvecklingen av ben är ytterligare två områden av skillnad i skelettsystemen.
Ett av områdena med skillnad mellan manliga och kvinnliga skelettsystem är bäckenet. En kvinnas bäckenben och bäckenregion är utformade annorlunda än en mans, eftersom bäckenregionen hos en kvinna är gjord för att möjliggöra förlossningsprocessen. Kvinnliga bäckenregioner är mer cirkulära och bäckenbenet är mindre och bredare. Manliga bäckenhålor är däremot inte lika ytliga.
Strukturella skillnader mellan manliga och kvinnliga skelettsystem är också uppenbara i skallen. En liten utskjutande del som finns på baksidan av skallen, kallad den yttre occipitala protuberansen, är tydligare på den manliga skallen än den kvinnliga skallen. Käkbenen på den kvinnliga skallen är också mer rundade, medan det manliga käkbenet är fyrkantigare. Brynbenen hos en kvinnlig skalle är inte lika uttalade som hos den manliga skallen. Dessa aspekter skapar särskiljande egenskaper som skapar visuella skillnader i de manliga och kvinnliga ansiktsstrukturerna.
Ben som gör lemmar på skelett visar också skillnader mellan mäns och kvinnors skelettsystem. Ulna, radius och humerus är de tre benen som gör armarna, medan fibula, tibia och femur är benbenen. Hos män är dessa ben i allmänhet längre och tjockare än de är hos kvinnor. Fingerben, som kallas falanger, är också vanligtvis större hos män än hos kvinnor. Vissa män har dock kortare ben än honor.
Totalmassan bidrar till skillnaden mellan manliga och kvinnliga skelettsystem. Manliga skelett är ofta tyngre och mycket större. Även om ett skeletts massa kan vara en allmän referenspunkt, kan den inte användas ensam. Det finns några män som är mindre än genomsnittet och kommer att ha mindre skelett. Dessutom finns det några kvinnor med större skelett än genomsnittet. För att avgöra om ett skelett är manligt eller kvinnligt måste de andra stora skillnaderna beaktas, tillsammans med genetik och etnicitet.
Skillnader mellan manliga och kvinnliga skelettsystem påverkas också av benutveckling. Hormoner spelar en stor roll i tillväxten av ben. För män är testosteron det hormon som påverkar bentillväxten och -formen, medan det kvinnliga hormonet som påverkar skelettutvecklingen kallas östrogen. Under puberteten är östrogennivåerna mycket högre för kvinnor och testosteronnivåerna för män, vilket gör att kvinnliga ben slutar utvecklas vid 18 års ålder och manlig tillväxt stannar vid 21 års ålder.