Det finns två primära grupperingar av bilaterala (bilateralt symmetriska) djur: protostomer och deuterostomer. De kallas också superphyla, eftersom var och en innehåller flera djurfyla. Deuterostomes tenderar att vara mer komplexa och inkluderar tagghudingar, hemichordates, chordates (alla ryggradsdjur) och några mindre phyla. Protostomerna innehåller praktiskt taget allt annat, inklusive leddjur, annelider, plattmaskar, blötdjur, etc. Några små phyla klassas inte som heller. Den primära skillnaden mellan de två grupperna är hur de utvecklas som embryon: i protostomer blir den första öppningen i embryot munnen och i deuterostomer blir det anus.
De flesta forskare känner igen minst tre superfyla inom protostomer – Lophotrochozoa, Edcysozoa och Platyzoa. Dessa superfyla föreslogs 1995, 1997 respektive 1998, baserat på molekylära och morfologiska bevis. Lophotrochozoans (”krönbärande djur”) förenas av närvaron av en lophofor, en ring av cilierade tentakler runt munnen, som används för att greppa matpartiklar. Lophotrochozoans, ibland även kallade trochozoans, inkluderar ett dussin phyla: Entoprocta, Mollusca, Annelida, Phoronida, Brachiopoda, Nemertea, Chaetognatha, Bryozoa, Myzostomida, Acoela och Gnathostomulida. Majoriteten av lophotrochozoans är marina, vilket är vettigt eftersom cilierade muntentakler för att få tag i mat är mest användbara under vattnet.
Förutom lofotrokozoer är en annan övervägande marin superfyl av protostomer platyzoanerna (”platta djuren”), som inkluderar plattmaskar och ett antal viktiga mikroskopiska, planktoniska djur som hjuldjur och magdjur. Platyzoer kännetecknas av antingen frånvaron av en coelom (kroppshålighet) eller en förminskad coelom som kallas en pseudocoel. Platyzoa är i genomsnitt den enklaste av protostomasuperfyla, även om enkla organismer också finns bland lofotrochozoaner. Platyzoer ansågs tidigare medlemmar av Lophotrochozoa, men de flesta forskare ger dem nu en egen grupp.
De sista protostomasuperfylerna är Ecdysozoa, som kännetecknas av att deras exoskelett smälter (ecdysis). Ecdysozoa är den mest framgångsrika och utbredda av protostomasuperfyla och inkluderar leddjur (kräftdjur, insekter, chelicerater och myriapoder), nematoder (rundmaskar), tardigrader, sammetsmaskar och flera mindre phyla. Nematoder är ett av de mest talrika djuren på jorden, som finns i alla tänkbara miljöer, inklusive Antarktis, medan leddjur innehåller flest arter, förmodligen över 7 miljoner, vilket representerar mer än 90 % av all biologisk mångfald av djur på jorden. Även om det finns många andra organismer som använder någon form av skal eller yttre nagelband, är Ecdysozoerna uppenbarligen de mest evolutionärt effektiva.