Det finns tre huvudsakliga skillnader mellan områdena konventionell och alternativ medicin. Konventionell medicin förlitar sig främst på studier av effekt att basera behandlingar på, jämfört med alternativa behandlingar som tenderar att inte kräva en hög standard på vetenskapliga bevis. Alternativa läkare ser vanligtvis på en patients hälsa som helhet som en grund för behandlingar, medan konventionella läkare ofta bara tittar på kroppens problemområde. Utbildningskvalifikationer och licensstandarder kan också vara av högre stränghet för konventionella läkare jämfört med alternativa läkare.
Konventionell medicin kallas också vetenskaplig medicin, på grund av de sätt på vilka läkare väljer lämpliga behandlingar för en patient. Kliniska studier, som tittar på människor med ett visst problem och hur en viss behandling gynnar dem, är grunden för konventionell medicin. Denna metod för att kontrollera om en behandling fungerar, och hur väl den fungerar, tillåter läkare att kassera behandlingar som inte är effektiva och sätta in behandlingar som är mer fördelaktiga för patienten. Konventionell och alternativ medicin skiljer sig åt genom att även om alternativa läkare kan ta sina behandlingar genom den kliniska studieprocessen, är det inte en väsentlig del av processen för att välja en behandling.
Exempel på konventionella medicinska metoder inkluderar kemoterapi, operationer och vaccinationer. Alternativa behandlingar inkluderar akupunktur, homeopati och örtmedicin. Alternativa terapier är tekniskt sett de som människor väljer att genomgå istället för en konventionell behandling, medan komplementära terapier är de som patienter väljer såväl som konventionell medicinsk behandling.
En av anledningarna till att en person kan titta på konventionell och alternativ medicin och välja den senare är att läkare tenderar att främst titta på platsen för ett problem i kroppen och kan försumma resten av kroppen. Alternativa utövare försöker vanligtvis behandla hela kroppen holistiskt. Detta kan passa bättre in i andliga eller filosofiska sätt att se på sjukdom och kan också ge patienten en känsla av mer kontroll över sin kropp jämfört med ett potentiellt mer auktoritärt tillvägagångssätt av en konventionell läkare. Utövare av konventionell och alternativ medicin kan också vara mycket oense om orsakerna till sjukdom, med konventionella utövare som fokuserar på vetenskaplig forskning, medan alternativa utövare kan arbeta med ett koncept som energifält eller felinriktade skelettstrukturer.
I allmänhet, om en alternativ medicin fungerar effektivt och framgångsrikt kan passera den kliniska studieprocessen, blir den en del av konventionell medicin. Ett exempel är medicinsk marijuana, som även om den har en plats inom traditionell örtmedicin, inte var ett godkänt läkemedel förrän det klarade kliniska studier och blev mer allmänt accepterat inom konventionell medicin. Eftersom konventionell medicinsk personal är försiktig med nya behandlingar, tills de kan bevisas säkra och effektiva, tenderar läkare att lita på de konventionella läkemedlen snarare än alternativa behandlingar. Potentiella faror med alternativa botemedel inkluderar förgiftning eller kroppsskada, eller om behandlingen inte fungerar alls kan patienten drabbas av oåterkalleliga skador som kanske hade kunnat undvikas med snabb konventionell behandling. Vanligtvis är riskerna med konventionella alternativ välkända, liksom fördelarna.
Eftersom området för alternativ medicin innehåller så många olika metoder, som ofta inte är baserade på behandlingar som klarar strängheten i kliniska studier, kan reglering av området av statliga organ vara av en lägre standard än konventionella läkare. Vanligtvis måste en läkare eller en sjuksköterska i ett konventionellt medicinskt system genomgå en hög utbildningsstandard och bli licensierad för att utöva medicin, medan en alternativ läkare kanske inte behöver följa statliga standarder, utan snarare följa uppsatta riktlinjer av ett branschorgan.