Även om termerna ”fängelse” och ”fängelse” ibland används omväxlande, skiljer de flesta medlemmar av brottsbekämpning mellan de två. I första hand är skillnaden att ett fängelse används av lokala jurisdiktioner som län och städer för att begränsa människor under korta tidsperioder. Ett fängelse, eller straffanstalt, administreras av staten och används för att hysa dömda brottslingar under mycket längre perioder. Båda är en del av ett större straffsystem som inkluderar andra aspekter av straffrättsväsendet som domstolar, brottsbekämpning och brottslaboratorier.
Eftersom ett fängelse endast är utformat för korta tidsperioder, tenderar det att ha färre bekvämligheter än ett fängelse. Individer som inhyses i ett fängelse har tillgång till badrum och förses med mat och vatten, och i ett fängelse med låg säkerhet kan de kanske umgås i gemensamma utrymmen under vissa perioder på dygnet. De flesta fängelser är utformade för att hålla ett mycket litet antal brottslingar och har relativt slapp säkerhet jämfört med fängelser, även om i områden som är utsatta för våld kan ett fängelse köras efter mycket strikta linjer. Ett fängelse hyser personer som har dömts för att avtjäna ett kort straff, personer som väntar på rättegång, personer som ännu inte har betalat borgen och fångar som just har hämtats misstänkta för att ha begått ett brott. Brottslingarna behandlas genom ett bokningsförfarande och det straffrättsliga systemet bestämmer vad som ska göras med dem efter det.
I ett fängelse är bekvämligheterna mycket mer omfattande, eftersom vissa fångar kan avtjäna sina liv bakom galler. Fängelserna har motionsytor, gemensamma utrymmen för att äta och umgås i områden med lägre säkerhet, kyrkolokaler och en utbildningsanläggning som inkluderar klassrum, bibliotek och laboratorier att arbeta och studera i. I fängelser med lägre säkerhet som de som används för att fängsla personer som dömts för tjänstemannabrott kunde fängelset ibland misstas för ett hotell. I de flesta fall förväntas fängelsefångar dela celler med andra interner, och på grund av den långa varaktigheten av de flesta fängelsestraff uppstår en komplex social och politisk struktur bland fångarna.
Ett fängelse kan hantera mycket fler fångar än ett fängelse är, och fångarna är vanligtvis åtskilda på grundval av de typer av brott som de har dömts för, som en säkerhetsåtgärd. Dessutom, i länder som fortfarande har dödsstraff, har ett fängelse faciliteter för att verkställa dödsstraff, tillsammans med bostäder för brottslingar som dömts till denna typ av straff. Generellt sett är fängelseanläggningen som helhet mycket tätt säkrad, även om inte alla brottslingar inuti är våldsamma, för att förhindra rymningar eller potentiellt våld mellan fängelsets vingar. Fängelsepersonalen är speciellt utbildad för att arbeta i en fängelsemiljö, och en styrelse som utsetts av staten övervakar fängelseförvaltningen.