Fagotten och oboen är båda träblåsinstrument med dubbelrör, men de har flera betydande skillnader som skiljer dem från varandra. Några av skillnaderna som är direkt uppenbara när man tittar på de två instrumenten inkluderar deras storlek, form och placering av munstycket. Även fagotten och oboen har olika ljud, där fagotten spelar i ett mycket lägre register än oboen. Även om studentversioner av båda instrumenten ofta är tillverkade av slitstark hartsplast, är modeller av högre kvalitet för erfarna musiker gjorda av olika träslag. Nyckelsystemen är också mycket olika mellan de två instrumenten, tillsammans med hur de hålls.
Vid granskning sida vid sida är flera skillnader mellan fagott och oboe direkt uppenbara. Det allmänna utseendet för varje instrument är distinkt. Fagotten är mycket större än oboen, och den är gjord av cirka 7 till 8 fot (ca 2.13 till 2.44 meter) slang som är böjd i en ojämn U-form. Den kortare, smalare sidan är där det krokade munstycket är fäst ungefär halvvägs upp längs instrumentets längd; den andra änden är mycket bredare och sträcker sig utanför munstycket. Oboen är konstruerad av en enda, rak längd av slang som blossar ut i en liten klockform i botten, och den har ett munstycke och vass fäst i toppen.
Både fagotten och oboen producerar ljud när musikern blåser in luft i dubbelröret, vilket orsakar vibrationer som resonerar inuti slangen. Varje instrument har ett specifikt ljud och omfång. Fagotten kan spela i ett mycket lågt register, med det lägsta ljudet från träblåsinstrumentfamiljen förutom den större kontrafagotten. Oboen kan spela högre toner och dess ljud har jämförts med en anka, med en mycket tydlig ton som är lätt att urskilja bland de andra instrumenten i orkestern. Båda instrumenten är kända för sin uttrycksfullhet.
Studentversioner av båda instrumenten är vanligtvis gjorda av hartsplast eftersom det är hållbart. Ett instrument av högre kvalitet väljs vanligtvis av mer erfarna musiker. Fagotten och oboen är vanligtvis gjorda av olika träslag. Fagotten är ofta gjord av lönn, även om den kan konstrueras av andra träslag med medelhårdhet. Oboen är oftast gjord av ett trä som kallas African Blackwood, eller grenadilla.
Varje instrument har olika tangentsystem. Tangenterna används tillsammans med fingrar för att täcka hålen i instrumentets slang för att producera specifika toner. Fagotten har färre tangenter, medan oboen har ett relativt stort antal med cirka 45 komplicerade tangenter.
Fagotten och oboen hålls också olika. På grund av sin storlek hålls fagotten vid sidan av musikern, ofta med extra stöd som en stol eller nackrem. Musikern kan vanligtvis hålla oboen framför sin kropp eftersom den är mycket mindre.