De exokrina och endokrina körtlarna, även om de är lika på vissa sätt, tjänar olika syften i kroppen. Exokrina körtlar utsöndrar slem eller protein till utsidan av kroppen, medan endokrina körtlar utsöndrar hormoner i blodet. De olika ämnen som produceras av de exokrina körtlarna används ofta för att smörja olika system, befria kroppen från skadliga mikroorganismer eller justera kroppens temperatur. Endokrina utsöndringar, å andra sidan, används vanligtvis i kroppens komplexa kommunikationssystem och kan orsaka en mängd olika förändringar i kroppens kemi. Även om exokrina och endokrina körtlar båda används i en mängd olika kroppsliga processer, är det bara de endokrina körtlarna som kan kommunicera med avlägsna system i kroppen.
En av de största skillnaderna mellan de exokrina och endokrina körtlarna är deras placering i kroppen. För det mesta är exokrina körtlar belägna nära hudens yta eller i kroppshåligheter som leder till utsidan av kroppen, såsom ögon, näsa, mun eller könsorgan. Matsmältningssystemet är också hem för exokrina körtlar som kan hittas längs hela dess längd. Endokrina körtlar, å andra sidan, finns ofta djupt inne i kroppen. Binjuren, som ligger på toppen av njurarna, och hypofysen, som finns i hjärnan, är två av de mer välkända körtlarna i det endokrina systemet.
En annan skillnad mellan exokrina och endokrina körtlar är deras syfte. Många av de exokrina körtlarna producerar slem, en slemmig substans gjord av glykoproteiner och vatten, som används för att smörja in organ som ögonen och matstrupen och för att fånga upp skadliga ämnen som försöker komma in i kroppen genom slemhinnorna. Vissa av dessa körtlar utsöndrar proteiner som kan hjälpa till med matsmältningen. Exokrina körtlar nära hudens yta släpper ut svett, ett ämne som används för att kyla ner kroppen om den inre temperaturen blir för hög.
De endokrina körtlarna utsöndrar hormoner som styr många av processerna i kroppen. Hypofysen är ansvarig för tillväxt och sexuell mognad samt ett antal andra processer. När en person försätts i en farlig situation instruerar sekret från binjuren hjärtat att slå snabbare och blodtrycket att stiga som förberedelse för att slåss eller springa från faran. Dessa, och de andra körtlarna i det endokrina systemet, släpper ut hormoner i en persons blodomlopp och skickar meddelanden som kan tas emot i hela kroppen.