Skillnaderna mellan klonazepam och alprazolam är ganska små, eftersom läkemedlen är både i bensodiazepinfamiljen och har liknande verkan. Båda behandlingarna används för ångestsyndrom, men klonazepam ordineras ofta även mot anfall. Doserna av dessa läkemedel är också olika i vissa fall. Till exempel, om en patient tar alprazolam för panikångest, skulle han eller hon behöva 0.5 milligram (mg) tre gånger per dag, men om samma patient tar klonazepam skulle han eller hon bara få 0.25 mg två gånger om dagen.
Klonazepam och alprazolam kan lättast särskiljas genom de tillstånd som de vanligtvis används för att behandla. Även om båda behandlingarna är lämpliga för patienter med ångestsjukdomar, kan klonazepam också användas för att behandla patienter som lider av krampanfall. Läkemedlet kan användas för att behandla petit mal-anfall, akinetiska anfall och myoklonus. Omvänt används alprazolam endast för att behandla ångestsyndrom och panikattacker. Denna skillnad i effekterna av klonazepam och alprazolam kan förklaras av skillnaden i deras kemiska struktur och innehåll.
Doserna av dessa läkemedel kan skilja sig åt, även när de används för att behandla samma tillstånd. Panikattacker är ett tillstånd som båda behandlingarna kan användas för, och detta tillstånd visar skillnaden i doserna av läkemedlet. En patient som tar alprazolam för panikattacker behöver 0.5 mg doser tre gånger om dagen. Klonazepamdoserna är i allmänhet lägre och behöver administreras mindre ofta. Även om båda kan ökas efter behov, är startdosen klonazepam endast 0.25 mg två gånger per dag, totalt sett till en skillnad på 1 mg per dag.
Likheterna mellan klonazepam och alprazolam är mer uppenbara än deras skillnader, eftersom läkemedlen tillhör samma allmänna klass. Bensodiazepinläkemedel accentuerar effekterna av gamma-aminosmörsyra (GABA), som är en signalsubstans som finns i hjärnan. Neurotransmittorer kan i princip ses som kemiska budbärare, och läkare tror att de är direkt relaterade till ångest och humörstörningar. GABA är en signalsubstans som verkar för att bromsa hjärnans aktivitet. Hos patienter med panik- eller ångestsyndrom kan överdriven hjärnaktivitet vara en katalysator för attacker.
Denna effekt av både klonazepam och alprazolam för att minska den totala hjärnaktiviteten kan leda till flera biverkningar. Till exempel kan båda behandlingarna orsaka allmän sedering, även vid låga doser, och alprazolam vid högre doser kan också orsaka tal- och minnesproblem och generell trötthet. Båda behandlingarna kan också orsaka abstinensbesvär om de tas under en längre tid och sedan avbryts.