Antiseptika och desinfektionsmedel används båda för att döda eller begränsa tillväxten av bakterier och andra mikroorganismer. Den viktigaste skillnaden mellan dem är platsen där de används. Antiseptika används på utsatta delar av kroppen, ofta, men inte alltid, på platsen för ett sår eller kirurgiskt snitt, för att förhindra infektion. Desinfektionsmedel används på andra ytor, allt från operationssalar till köksbänkar, för att förstöra potentiellt farliga mikrober.
Användningen av både desinfektionsmedel och antiseptika är ett ganska nyligen tillägg till medicinsk praxis. Den miasmatiska teorin om sjukdomar, som ansåg att sjukdomar orsakades av dålig miljöpåverkan snarare än mikroorganismer, förblev allmänt accepterad in i mitten av 19-talet. Det medicinska etablissemanget visade sig vara ovilligt att ändra standardprocedurer, även inför överväldigande experimentella bevis.
Tidiga pionjärer inom forskning om antiseptika och desinfektionsmedel, som Ignaz Semmelweis, som studerade dödligheten bland mödrar som behandlats utan ordentliga antiseptiska procedurer, noterade snabbt att grundläggande sanitära försiktighetsåtgärder avsevärt minskade många av riskerna i samband med medicinsk behandling. Även om läkarna var långsamma med att anamma hans råd, vann hans uppfattning till slut. Joseph Lister blev den mest framgångsrika förespråkaren för användningen av antiseptika och desinfektionsmedel, och hans arbete räckte för att gradvis förändra standardmedicinsk praxis.
Antiseptika och desinfektionsmedel arbetar båda för att döda mikrober, men antiseptika måste också orsaka liten eller ingen skada på kroppens vävnader. Väteperoxid och alkohol är bland de vanligaste antiseptika som används i både medicinska och hushållsapplikationer. De används vanligtvis för att rengöra huden innan ett snitt görs, för att eliminera alla potentiellt farliga mikrober på hudens yta. Antiseptika kan också användas för att behandla ytsnitt eller skavsår för att döda mikrober som redan kan ha kommit in i ett sår, även om denna process kan skada vävnaden något och också orsaka obehag.
Desinfektionsmedel behöver, till skillnad från antiseptika, inte vara säkra för användning på levande vävnad. Många vanliga hushållsämnen har utmärkta desinficerande egenskaper. En enkel lösning av blekmedel är extremt effektiv för att döda de flesta mikrober, och blekmedel används i stor utsträckning för detta ändamål, både i medicinska anläggningar och i vanliga hushållstillämpningar. När det inte är önskvärt att använda ett kemiskt medel som desinfektionsmedel, finns det andra alternativ, inklusive användning av ultraviolett ljus eller strålning, som båda i allmänhet är olämpliga för användning på levande vävnader men kan vara mycket effektiva för att eliminera mikrober.