Progesteron och menstruationscykeln är nära besläktade eftersom menstruation inte kunde inträffa utan detta hormon. Progesteron arbetar med östrogen för att tjockna livmoderslemhinnan, och en plötslig droppe av progesteron gör att det tappas av under menstruationen om en graviditet inte inträffar. Detta hormon är också viktigt när en graviditet inträffar, eftersom höga nivåer av progesteron säkerställer en korrekt utveckling av fostret. Dessutom kan en obalans mellan progesteron och östrogen leda till premenstruellt syndrom (PMS). Vissa kvinnor använder förhållandet mellan progesteron och menstruationscykeln till sin fördel, eftersom detta hormon både kan förhindra och förbättra en graviditet när olika mängder förekommer.
Under follikelfasen av menstruationen är nivåerna av både progesteron och östrogen ganska låga, men de ökar efteråt, östrogen under ägglossningsfasen och progesteron under lutealfasen. När ett nytt ägg mognar i follikeln hjälper progesteron och östrogen till att tjockna livmoderns slemhinna i fall en graviditet inträffar, så att ett embryo kan implanteras ordentligt. Dessutom förblir progesteronnivån hög för att tillåta fostret att utvecklas ordentligt och låta blodet cirkulera i livmodern. Ett annat jobb med detta hormon under graviditeten är att skapa slempluggen som skyddar fostret från bakterier som kommer in i livmodern. Brist på detta hormon kan resultera i missfall, vilket är anledningen till att progesteron och menstruationscykeln båda är viktiga för kvinnor som vill bära ett barn.
Progesteronnivåerna stiger efter ägglossning och om graviditet inte inträffar sjunker progesteronnivåerna plötsligt, vilket gör att livmoderslemhinnan tappas under menstruationen. Strax innan progesteronfallet lider många kvinnor av PMS, som är resultatet av en obalans i hormoner. Progesteronnivån stiger ofta vid denna tidpunkt, vilket kan få kvinnor att känna sig hungrigare än vanligt. Många kvinnor klagar också över uppblåsthet strax före menstruationen till följd av progesteronets tendens att få njurarna att lagra både vatten och salt. Dessutom märker kvinnor ofta större, fastare bröst eftersom vävnaden förstoras till följd av detta hormon, vilket bara är ytterligare ett sätt att progesteron samverkar med menstruationscykeln även efter att en graviditet inte har inträffat.
Vissa kvinnor drar fördel av förhållandet mellan progesteron och menstruationscykeln genom att lägga till mer av detta kvinnliga hormon till sin kropp för att uppnå olika resultat. Till exempel kan vissa kvinnor hjälpa till att förhindra missfall till följd av låga progesteronnivåer genom att ta piller, injektioner eller stolpiller som innehåller detta hormon. Andra kvinnor som försöker förhindra graviditet använder p-piller som endast innehåller progesteron, som kan göra livmoderhalsslemmet tjockare så att det är svårt för spermier att nå livmoderhalsen. Det kan också tunna ut livmoderslemhinnan, eftersom en ökning av detta hormon följt av en plötslig minskning gör att slemhinnan inte blir för tjock. P-piller som endast innehåller progesteron har färre biverkningar än kombinationspiller som också innehåller östrogen, vilket gör dem attraktiva för vissa kvinnor. Kvinnor bör bestämma den bästa behandlingen baserat på råd och övervakning av sina läkare.