Matsmältningssystemet och homeostasen i människokroppen är oupplösligt relaterade eftersom människor är heterotrofer i matsmältningen, vilket betyder att kroppen måste ha en mekanism för att assimilera en yttre näringskälla. För att matsmältningssystemet och homeostasregleringen ska bli framgångsrik måste de väsentliga näringsämnena i maten som äts förfinas och manipuleras, och ”nötningen” av strukturen i matsmältningssystemet måste repareras och fyllas på när det behövs. Dessutom är varje kroppssystem beroende av nedbrytning och assimilering av näringsämnen för att reparera, bygga upp och underhålla vävnader. Ett överflöd av kemiska, mekaniska och enzymatiska processer är ansvariga för matsmältningssystemets homeostas.
Matsmältningen utförs av kroppen när maten rör sig genom kroppen i ett transportörliknande system av organ som bryter ner maten till ett acceptabelt bränsle för kroppens celler. Processen börjar i munnen när enzymer först introduceras via saliven. En av de mest gynnsamma kopplingarna mellan matsmältningssystemet och homeostas är upprätthållandet av potentialen för vätebalans (pH) i matsmältningskanalen. Homeostas i matsmältningskanalen uppnås genom kroppens förmåga att dramatiskt ändra pH från saliven, som endast är lätt sur, till en mycket sur magmiljö som bryter ner maten snabbt och skyddar kroppen från bakterier och andra patogener. Ännu mer dramatisk är pH-förändringen till en väsentligt basisk miljö i tunntarmen, vilket krävs för att de enzymer som är specifika för tarmen ska fungera korrekt.
En annan relevant koppling mellan matsmältningssystemet och homeostas i kroppen är att upprätthålla en gästvänlig atmosfär för hjälpsamma bakterier. Reglering av pH i kombination med andra faktorer, som att upprätthålla ett balanserat enzymförhållande, tillåter en fördelaktig tarmflora som acidophilus och bifidobacterium att hjälpa kroppen att bekämpa mindre önskvärda bakteriekolonier som kan orsaka potentiellt livshotande infektioner och sjukdomar. Hjälpsamma bakterier har förmågan att bryta ner vissa cancerframkallande ämnen och läkemedelsmetaboliter som har visat sig orsaka cancer, en sjukdom som sprids genom den allvarliga nedbrytningen av den totala homeostatiska statusen i kroppen. Hjälpsamma bakterier producerar även vitamin K och andra olika biologiska ämnen som kroppen inte kan producera själv.
Att ha en korrekt balans mellan enzymer, bakterier och pH anses av de flesta sjukvårdspersonal vara den huvudsakliga kopplingen mellan matsmältningssystemet och homeostas. Patienter som gör livsstilsval som främjar dessa tillstånd är mer benägna att behålla en hälsosam kroppsvikt och vara välnärda. De är mindre benägna att drabbas av allvarliga sjukdomar, som cancer och diabetes.