RNA-sekvensering är processen för att bestämma sekvensen av nukleotider i en sträng av ribonukleinsyra, eller RNA. RNA består av fyra nukleotider som kallas adenin (A), guanin (G), cytosin (S) och uracil (S). Den speciella sekvensen av nukleotiderna är en ”kod” som innehåller genetisk information som används för att producera olika typer av proteiner eller för att fylla någon specifik funktion på egen hand. Genetiska koder i form av sekvenser av nukleotider definierar nästan varje biologisk process som involverar utveckling och funktion av en organism. RNA-sekvensering är alltså en typ av forskning som syftar till att upptäcka den exakta naturen hos den genetiska koden och att koppla koden till specifika strukturer och funktioner i en organism.
Forskare sekvenserar deoxiribonukleinsyra, eller DNA, mycket oftare än de sekvenserar RNA. DNA är på liknande sätt uppbyggt av nukleotider, men de är ordnade i en dubbelhelix. RNA ”transkript” är faktiskt gjorda baserat på sekvensen av nukleotider på en sträng av DNA – DNA tenderar att vara mer robust än RNA eftersom många RNA strängar måste göras från en enda sekvens av DNA. Dessutom innehåller DNA ”introner” eller icke-kodande segment av DNA, som redigeras ut under transkriptionsprocessen och därför inte detekteras av RNA-sekvensering. RNA-sekvensering är fortfarande viktig, även om det i många fall är nödvändigt att först ”omvänd transkribera” RNA tillbaka till DNA innan det sekvenseras.
Det faktum att en RNA-sekvens inte nödvändigtvis är densamma som den DNA-sekvens från vilken den transkriberades är en av de främsta anledningarna till att forskare faktiskt genomför RNA-sekvenseringsexperiment. RNA-sekvensering gör det möjligt för forskare att upptäcka vilka delar av en DNA-mall som redigerades bort under transkriptionen. Genom att veta detta kan de sedan undersöka hur och varför sekvensen redigerades bort. Ett av de intressanta problemen inom biologi är det faktum att en stor del av genomet, eller summeringen av genetisk information inom en organism, verkar vara oanvänd. Att lära sig exakt vilka sekvenser som används och vilka inte är ett viktigt steg för att utforska krångligheterna hos dessa oanvända segment av genetisk information.
Att utveckla mer effektiva och effektiva metoder för RNA-sekvensering är ett viktigt fokus för många forskare inom bioteknik. Forskare måste i allmänhet omvänd transkribera RNA till DNA innan de faktiskt tar sekvensen. Forskare vill utveckla metoder som möjliggör effektiv direkt sekvensering av RNA:t utan att skada RNA-strängar. Dessutom vill forskare hitta metoder med hög genomströmning som tillåter dem att sekvensera många RNA-strängar under en RNA-sekvenseringsprocess.