Reptilhjärnan, enligt en klassisk teori om hjärnvetenskap, har motsvarande strukturer i hjärnan hos däggdjur, inklusive människor. Enligt teorin om den ”treeniga hjärnan” utvecklades reptilhjärnan, som berördes av instinkt och överlevnad, först i evolutionens historia. Varelser som däggdjur utvecklade mer komplicerade hjärnstrukturer på grunden av reptilhjärnan, vilket möjliggör tankar, känslor och självmedvetenhet. Hjärnstudier har sedan dess visat att den treeniga hjärnteorin i bästa fall är överförenklad; men det är fortfarande populärt bland media och allmänheten.
Under 1960-talet avslöjade neuroforskaren och läkaren Paul D. MacLeans forskning om hjärnstrukturer att de basala ganglierna, en grupp strukturer i basen av den mänskliga hjärnan, liknade hjärnan hos ödlor och andra reptiler. Detta, tillsammans med vetskapen om att de basala ganglierna är starkt involverade i motoriska funktioner, fick MacLean att tro att hjärnans utveckling motsvarade evolutionär utveckling. Reptiler utvecklades först i evolutionens historia, följt av däggdjur och sedan människor, så han resonerade att hjärnan likaså kunde delas in i sektioner baserat på utvecklingskomplexitet.
I MacLeans teori kontrollerade basalganglierna, som han kallade reptilhjärnan, basala instinkter som aggression och territorialitet, beteende som kan observeras hos reptiler såväl som däggdjur, inklusive människor. De mellanliggande hjärnstrukturerna, som han kallade det ”limbiska systemet”, kontrollerade högre funktioner som var nödvändiga för att fostra upp ungarna men var inte nödvändiga hos reptiler, som i allmänhet lägger ägg snarare än att föda och föda upp levande ungar. Neocortex, som bara finns hos högre däggdjur, möjliggjorde utvecklingen av språk, resonemang och medvetna tankar hos människor.
Efterföljande upptäckter inom hjärn- och djurvetenskap har visat att teorin om treenig hjärna inte är en exakt modell. Varelser som fåglar, till exempel, kan använda rudimentära verktyg och språk, trots att de saknar en neocortex. Vissa hjärnfunktioner som en gång troddes kontrolleras av reptilhjärnan har sedan dess visat sig involvera olika delar av hjärnan. Evolutionär utveckling är inte heller så enkel som en gång trodde, vilket ytterligare ifrågasätter MacLeans utvecklingsmodell.
Den treeniga hjärnan och reptilhjärnan förblir fixturer i populärkulturen och tron om hjärnans funktioner. Astrofysikern Carl Sagans populärvetenskapliga bestseller ”The Dragons of Eden” gav den treeniga hjärnteorin bred exponering under 1970-talet. I sin banbrytande grafiska roman ”Elektra Assassin” gav seriekonstnären Frank Miller sin karaktär Elektra förmågan att fungera endast med sin ”reptilhjärna”, vilket gjorde att hon kunde agera instinktivt och hänsynslöst i närvaro av fara.