Nautiska flaggor är specialdesignade flaggor i distinkta färger som kan användas för att signalera från fartyg till fartyg, eller fartyg till land. Förutom en internationellt erkänd signalkod har många nationer specifika egna nautiska flaggor, men fartyg kan kommunicera genom den internationella koden med fartyg från andra nationer. Denna kommunikation används för att utbyta information såsom nyheter, information om faror eller förfrågningar om hjälp. Nautiska flaggor är också kända som signalflaggor på grund av deras användning i signaleringsinformation.
Förutom att användas för kommunikation, används nautiska flaggor också för att klä skeppet för speciella tillfällen. Vanligtvis hängs flaggorna i ett mönster som stavar ut ett meddelande, för dem som kan läsa det. Vissa fartyg använder också semaforsignalering för kommunikation. Semaforer fungerar väldigt annorlunda än nautiska flaggor. I semafor stavas ett meddelande med flaggor som hålls i vissa positioner i förhållande till en människokropp.
För att öka synligheten tillverkas nautiska flaggor i rött, blått, gult, svart eller vitt, eftersom dessa färger kan ses tydligt och urskiljas. Färger som kan blandas ihop, som blått och svart, visas inte i samma flagga. De djärva blockmönstren i kombination med den höga färgsynligheten gör nautiska flaggor lätt synliga, även på långt avstånd.
En uppsättning nautiska flaggor innehåller 26 flaggor som representerar de 26 bokstäverna i det romerska alfabetet, tillsammans med 10 siffror, en svarsflagga och tre ersättnings- eller repeterflaggor. En flagga kan användas för att signalera ett brådskande eller grundläggande meddelande, två flaggor används för att kommunicera om navigering eller nöd, tre kan indikera punkter på en kompass tillsammans med grundläggande, korta ord, och fyra används för att indikera namnet på ett fartyg, dess bäring, eller för att signalera information om geografi. För tids- och positionsindikatorer används fem flaggor, medan sex kan indikera riktning, latitud och longitud. Om longituden är över 100 grader används sju flaggor.
Förutom att stava bokstäverna i alfabetet innehåller de 26 kvadratiska alfabetsflaggorna även stenografiska meddelanden. Till exempel, bokstaven G/Golf hängd ensam indikerar att fartyget vill ha en lots, medan F/Foxtrot betyder att fartyget är inaktiverat och Z/Zulu betyder att en bogserbåt behövs. Svarsflaggan används för att indikera att ett meddelande har tagits emot eller förstått, och även som en decimalkomma, och repeaterflaggorna används som substitut, och ber läsaren till exempel att läsa den tredje flaggan i signalen i stället för repeater flagga. Det finns också ett antal tvåbokstavskoder, såsom PP, för att hålla undan, och CD, som indikerar ett behov av omedelbar hjälp.