Mikroskopfotografering är vetenskapen om att skapa och spela in bilder av mikroskopiskt material. Det används i stor utsträckning inom olika vetenskapsområden, från kriminalteknik till arkeologi. Tidiga metoder för mikroskopfotografering involverade anpassning av fotografisk utrustning för användning med mikroskoplinser. Under 21-talet tillåter framstegen inom digital fotografering större flexibilitet i skapandet av dessa bilder. Mikroskopfotografering kallas också fotomikroskopi, och resultatet kallas mikrofotografi, eller helt enkelt mikrofotografi.
Både fotografi och mikroskopi var resultatet av framsteg inom optik och linskonstruktion under 17- och 19-talen. Geniala kombinationer av speglar och förstoringslinser gjorde att små detaljer i en bild skärptes, precis som det mänskliga ögat gör. I rätt arrangemang kan sådana linser och speglar förstora det mycket avlägsna, som i teleskop, eller det mycket lilla. På 1800-talet lärde sig banbrytande fotografer hur man permanent registrerar bilder på metall- eller glasytor, så kallade plattor, genom kemiska processer. Forskare insåg snart att de kunde använda fotografi för att spela in bilderna de såg genom sina mikroskop.
Den tidigaste mikroskopfotograferingen spelade in mikroskopiska bilder direkt på fotografiska plattor. Detta uppnåddes genom att använda adapterringar för att fästa mikroskopet på kameralinsen. I vissa fall togs kameralinsen bort, vilket gjorde att mikroskopet kunde fungera som själva linsen. På 20-talet utvecklades speciella kameror för att spela in mikrofotografier på fotografisk film. Dåtidens vanliga fotobehandlingstekniker krävde att filmen sänktes ned i framkallande kemikalier, vilket orsakade en viss fördröjning innan bilden kunde analyseras.
Digital fotografiteknik har förändrat både mikroskopi och mikroskopfotografering. Moderna mikrofotografier kan visa mikroskopiskt material i realtid, medan det fortfarande är under mikroskopet. Videoinspelning och integration med datorsystem är också möjligt, vilket kan hjälpa när detaljerad analys av en bild är nödvändig. Brottslaboratorier använder sådana mikrofotografier när de söker efter spårbevis från brottsplatser. Detta är förmodligen den mest kända användningen av fotomikroskopi, tack vare tv-kriminaldramer.
Mikroskopfotografering har dock andra tillämpningar och har resulterat i framsteg inom många vetenskapliga områden. Till exempel undersöker geologer mikroskopiska jordprover för bevis på atmosfäriska och miljömässiga förhållanden i olika historiska epoker. Medicin och immunologi är också beroende av mikrofotografier för forskning, diagnos och behandling av sjukdomar. Elektronmikroskop använder elektroner snarare än ljus för att undersöka material, inklusive cellulära och molekylära strukturer, med mycket större förstoringar än vanliga mikroskop. Bilderna som skapas av elektronmikroskop kallas också mikrofotografier.